ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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直接法 | | モデル構築 | X-PLOR | 3.82 | 精密化 | DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | 直接法 | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.48→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.241 | 1476 | 10.1 % | RANDOM |
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Rwork | 0.198 | - | - | - |
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all | 0.202 | 14554 | - | - |
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obs | 0.198 | 14554 | 97.9 % | - |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 16.5 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 0 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 0 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.2 Å | 0.17 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.2 Å | 0.18 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.48→30 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 718 | 0 | 10 | 85 | 813 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | x_bond_d0.018 | | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_deg1.8 | | X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_d16 | | X-RAY DIFFRACTION | x_improper_angle_d1.54 | | X-RAY DIFFRACTION | x_mcbond_it0.82 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | x_mcangle_it1.21 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | x_scbond_it3.66 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | x_scangle_it6.54 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.48→1.57 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.314 | 196 | 9.2 % |
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Rwork | 0.285 | 1933 | - |
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obs | - | 1934 | 88 % |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR(ONLINE) / バージョン: 3.82 / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.1 % |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 16.5 Å2 |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | x_angle_deg1.8 | | X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_deg16 | | X-RAY DIFFRACTION | x_improper_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | x_improper_angle_deg1.54 | | X-RAY DIFFRACTION | x_mcbond_it | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | x_scbond_it | 2 | X-RAY DIFFRACTION | x_mcangle_it | 2 | X-RAY DIFFRACTION | x_scangle_it | 2.5 | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.314 / % reflection Rfree: 9.2 % / Rfactor Rwork: 0.285 |
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