[日本語] English
万見
- PDB-1g6u: CRYSTAL STRUCTURE OF A DOMAIN SWAPPED DIMER -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g6u
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A DOMAIN SWAPPED DIMER
要素DOMAIN SWAPPED DIMER
キーワードDE NOVO PROTEIN / designed three helix bundle
機能・相同性Helix hairpin bin / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / trifluoroacetic acid
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Ogihara, N.L. / Ghirlanda, G. / Bryson, J.W. / Gingery, M. / DeGrado, W.F. / Eisenberg, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: Design of three-dimensional domain-swapped dimers and fibrous oligomers.
著者: Ogihara, N.L. / Ghirlanda, G. / Bryson, J.W. / Gingery, M. / DeGrado, W.F. / Eisenberg, D.
履歴
登録2000年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DOMAIN SWAPPED DIMER
B: DOMAIN SWAPPED DIMER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4724
ポリマ－10,2622
非ポリマー2102
水1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area6150 Å2
手法PISA
2
A: DOMAIN SWAPPED DIMER
B: DOMAIN SWAPPED DIMER
ヘテロ分子

A: DOMAIN SWAPPED DIMER
B: DOMAIN SWAPPED DIMER
ヘテロ分子

A: DOMAIN SWAPPED DIMER
B: DOMAIN SWAPPED DIMER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,41612
ポリマ－30,7866
非ポリマー6306
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_564-z+1/2,-x+1,y-1/21
crystal symmetry operation10_655-y+1,z+1/2,-x+1/21
Buried area11190 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area13450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.040, 64.040, 64.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-201-

SO4

21B-201-

SO4

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド DOMAIN SWAPPED DIMER


分子量: 5131.009 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide was chemically synthesized.
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-TFA / trifluoroacetic acid / トリフルオロ酢酸


分子量: 114.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2HF3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM MES, pH 6.5, 100 mM NaCl, 2.6 M ammonium sulfate, 1% dioxane, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
12.6 Mammonium sulfate11
2100 mMMES11
3100 mM11NaCl
41 %dioxane11

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 0.975 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→30 Å / Num. all: 14554 / Num. obs: 14554 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 17.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082
反射 シェル解像度: 1.48→1.57 Å / Rmerge(I) obs: 0.289 / Num. unique all: 2129 / % possible all: 88
反射
*PLUS
Num. measured all: 80427
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.1 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
直接法モデル構築
X-PLOR3.82精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.48→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 1476 10.1 %RANDOM
Rwork0.198 ---
all0.202 14554 --
obs0.198 14554 97.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 16.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数718 0 10 85 813
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d16
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.54
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it0.821.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.212
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.662
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it6.542.5
LS精密化 シェル解像度: 1.48→1.57 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 196 9.2 %
Rwork0.285 1933 -
obs-1934 88 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR(ONLINE) / バージョン: 3.82 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.1 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 16.5 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg16
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.54
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.314 / % reflection Rfree: 9.2 % / Rfactor Rwork: 0.285

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る