+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g6k | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of glucose dehydrogenase mutant E96A complexed with NAD+ | ||||||
要素 | GLUCOSE 1-DEHYDROGENASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / short-chain dehydrogenase/reductase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucose 1-dehydrogenase (NAD+) activity / glucose 1-dehydrogenase (NADP+) activity / glucose 1-dehydrogenase [NAD(P)+] / glucose 1-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / sporulation resulting in formation of a cellular spore 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus megaterium (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Yamamoto, K. / Kurisu, G. / Kusunoki, M. / Tabata, S. / Urabe, I. / Osaki, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structural analysis of stability-increasing mutants of glucose dehydrogenase 著者: Yamamoto, K. / Kurisu, G. / Kusunoki, M. / Tabata, S. / Urabe, I. / Osaki, S. #1: ジャーナル: J.BIOCHEM.(TOKYO) / 年: 2001 タイトル: Crystal structure of glucose dehydrogenase from Bacillus megaterium IWG3 at 1.7 A resolution 著者: Yamamoto, K. / Kurisu, G. / Kusunoki, M. / Tabata, S. / Urabe, I. / Osaki, S. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of glucose dehydrogenase from Bacillus megaterium IWG3 著者: Yamaoto, K. / Kusunoki, M. / Urabe, I. / Tabata, S. / Osaki, S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1g6k.cif.gz | 210.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1g6k.ent.gz | 170.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1g6k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/1g6k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/1g6k | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | The biological active form is tetramer. For tetramer1, apply (-x, y, -z)+a to chains A and B. For tetramer2, apply (-x, y, -z)+c to chains E and F. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28054.924 Da / 分子数: 4 / 変異: E96A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア) 株: IWG3 / プラスミド: PKP1500 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KP3998 / 参照: UniProt: P40288, glucose 1-dehydrogenase [NAD(P)+] #2: 化合物 | ChemComp-NAD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.42 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG2000, sodium phosphate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 288 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1998年6月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→100 Å / Num. obs: 294512 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.78 % / Biso Wilson estimate: 18.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 17.7 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.208 / Num. unique all: 5172 / % possible all: 80.2 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1GCO 解像度: 2→39.95 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
| |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.9 Å2
| |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→39.95 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|