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- PDB-1g6e: ANTIFUNGAL PROTEIN FROM STREPTOMYCES TENDAE TU901, 30-CONFORMERS ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g6e
タイトルANTIFUNGAL PROTEIN FROM STREPTOMYCES TENDAE TU901, 30-CONFORMERS ENSEMBLE
要素ANTIFUNGAL PROTEIN
キーワードANTIFUNGAL PROTEIN / ALL-BETA / TWO ANTIPARALLEL BETA-SHEETS / PARALLEL BETA-SANDWICH
機能・相同性
機能・相同性情報


Streptomyces killer toxin-like, beta/gamma crystallin / Beta/Gamma crystallin / Antimicrobial/protein inhibitor, gamma-crystallin-like / Gamma-B Crystallin; domain 1 - #30 / Gamma-B Crystallin; domain 1 / Gamma-crystallin-like / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Antifungal protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces tendae (バクテリア)
手法溶液NMR / Torsion angle dynamics with DYANA.
データ登録者Campos-Olivas, R. / Bormann, C. / Hoerr, I. / Jung, G. / Gronenborn, A.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / : 2001
タイトル: Solution structure, backbone dynamics and chitin binding of the anti-fungal protein from Streptomyces tendae TU901.
著者: Campos-Olivas, R. / Horr, I. / Bormann, C. / Jung, G. / Gronenborn, A.M.
履歴
登録2000年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANTIFUNGAL PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0001
ポリマ-10,0001
非ポリマー00
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 30target function
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 ANTIFUNGAL PROTEIN


分子量: 10000.162 Da / 分子数: 1 / 断片: AFP1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces tendae (バクテリア)
: TU901 / 遺伝子: AFP / プラスミド: PET11A(NOVAGEN) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RCK8

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1213D 15N-separated NOESY
131HNHA
141HNHB
1544D 13C-separated NOESY
163HN(CO)CG arom/HNCG arom
2712D NOESY
1822D NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5-0.8 mM AFP1 [U-99% 15N; U-10% 13C] 20 mM phosphate, pH 8.0. 0.1 M NaCl. 0.02 mM EDTA. 0.01% NaN3.91.7% H2O. 8.3% D2O.
20.5-0.8 mM AFP1 [U-99% 15N; U-10% 13C] 20 mM phosphate, pH 8.0. 0.1 M NaCl. 0.02 mM EDTA. 0.01% NaN3.100% D2O
30.5-0.8 mM AFP1 [U-99% 15N; U-13C] 20 mM phosphate, pH 8.0. 0.1 M NaCl. 0.02 mM EDTA. 0.01% NaN3.91.7% H2O. 8.3% D2O.
40.5-0.8 mM AFP1 [U-99% 15N; U-13C] 20 mM phosphate, pH 8.0. 0.1 M NaCl. 0.02 mM EDTA. 0.01% NaN3.100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH (kPa)温度 (K)
10.32 M 8.0 ambient 293 K
20.32 M 8.0 ambient 277 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX5001
Bruker DMXBrukerDMX6002
Bruker DMXBrukerDMX7503
Bruker DRXBrukerDRX8004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeX.XDelaglio解析
XwinNMR4.1.1Johnsonデータ解析
DYANA1.5Guentert構造決定
DYANA1.5Guentert精密化
精密化手法: Torsion angle dynamics with DYANA. / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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