PDB-1g6e: ANTIFUNGAL PROTEIN FROM STREPTOMYCES TENDAE TU901, 30-CONFORMERS ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1g6e

タイトル

ANTIFUNGAL PROTEIN FROM STREPTOMYCES TENDAE TU901, 30-CONFORMERS ENSEMBLE

要素

ANTIFUNGAL PROTEIN

キーワード

ANTIFUNGAL PROTEIN / ALL-BETA / TWO ANTIPARALLEL BETA-SHEETS / PARALLEL BETA-SANDWICH

機能・相同性

機能・相同性情報

Streptomyces killer toxin-like, beta/gamma crystallin / Beta/Gamma crystallin / Antimicrobial/protein inhibitor, gamma-crystallin-like / Gamma-B Crystallin; domain 1 - #30 / Gamma-B Crystallin; domain 1 / Gamma-crystallin-like / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Streptomyces tendae (バクテリア)

手法

溶液NMR / Torsion angle dynamics with DYANA.

データ登録者

Campos-Olivas, R. / Bormann, C. / Hoerr, I. / Jung, G. / Gronenborn, A.M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Solution structure, backbone dynamics and chitin binding of the anti-fungal protein from Streptomyces tendae TU901.
著者: Campos-Olivas, R. / Horr, I. / Bormann, C. / Jung, G. / Gronenborn, A.M.

履歴

登録	2000年11月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年3月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2022年12月21日	Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1g6e.cif.gz	799.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1g6e.ent.gz	666.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1g6e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1g6e_validation.pdf.gz	343.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1g6e_full_validation.pdf.gz	569.3 KB	表示
XML形式データ	1g6e_validation.xml.gz	128.8 KB	表示
CIF形式データ	1g6e_validation.cif.gz	160.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/1g6e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/1g6e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1gh5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1gh5-d 4jv9-d 6gc5-3 4lwv-1 6x1p-d 1usm-d 1qys-d 6gc5-5 2lwe-d 4lwv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 48331H, 13C, and 15N Assignments for the Antifungal Protein from Streptomyces tendae Tu901

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: ANTIFUNGAL PROTEIN

10 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	30 / 30	target function
代表モデル

#1: タンパク質	ANTIFUNGAL PROTEIN 分子量: 10000.162 Da / 分子数: 1 / 断片: AFP1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces tendae (バクテリア) 株: TU901 / 遺伝子: AFP / プラスミド: PET11A(NOVAGEN) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RCK8

#1: タンパク質

ANTIFUNGAL PROTEIN

分子量: 10000.162 Da / 分子数: 1 / 断片: AFP1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptomyces tendae (バクテリア)
株: TU901 / 遺伝子: AFP / プラスミド: PET11A(NOVAGEN) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RCK8

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY
1	3	1	HNHA
1	4	1	HNHB
1	5	4	4D 13C-separated NOESY
1	6	3	HN(CO)CG arom/HNCG arom
2	7	1	2D NOESY
1	8	2	2D NOESY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	0.5-0.8 mM AFP1 [U-99% 15N; U-10% 13C] 20 mM phosphate, pH 8.0. 0.1 M NaCl. 0.02 mM EDTA. 0.01% NaN3.	91.7% H2O. 8.3% D2O.
2	0.5-0.8 mM AFP1 [U-99% 15N; U-10% 13C] 20 mM phosphate, pH 8.0. 0.1 M NaCl. 0.02 mM EDTA. 0.01% NaN3.	100% D2O
3	0.5-0.8 mM AFP1 [U-99% 15N; U-13C] 20 mM phosphate, pH 8.0. 0.1 M NaCl. 0.02 mM EDTA. 0.01% NaN3.	91.7% H2O. 8.3% D2O.
4	0.5-0.8 mM AFP1 [U-99% 15N; U-13C] 20 mM phosphate, pH 8.0. 0.1 M NaCl. 0.02 mM EDTA. 0.01% NaN3.	100% D2O

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	0.32 M	8.0	ambient	293 K
2	0.32 M	8.0	ambient	277 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DMX	Bruker	DMX	500	1
Bruker DMX	Bruker	DMX	600	2
Bruker DMX	Bruker	DMX	750	3
Bruker DRX	Bruker	DRX	800	4

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
NMRPipe	X.X	Delaglio	解析
XwinNMR	4.1.1	Johnson	データ解析
DYANA	1.5	Guentert	構造決定
DYANA	1.5	Guentert	精密化

精密化

手法: Torsion angle dynamics with DYANA. / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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