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- PDB-1g61: CRYSTAL STRUCTURE OF M.JANNASCHII EIF6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g61
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF M.JANNASCHII EIF6
要素TRANSLATION INITIATION FACTOR 6
キーワードTRANSLATION / alpha-beta-barrel velcro closure subdomain / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


maturation of 5.8S rRNA / maturation of LSU-rRNA / translation initiation factor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / ribosome binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / 5-stranded Propeller / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / Translation initiation factor IF6 / eIF-6 family / translation initiation factor 6 / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Translation initiation factor 6
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Groft, C.M. / Beckmann, R. / Sali, A. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal structures of ribosome anti-association factor IF6.
著者: Groft, C.M. / Beckmann, R. / Sali, A. / Burley, S.K.
履歴
登録2000年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSLATION INITIATION FACTOR 6
B: TRANSLATION INITIATION FACTOR 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9622
ポリマ－48,9622
非ポリマー00
水12,683704
1
A: TRANSLATION INITIATION FACTOR 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4811
ポリマ－24,4811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TRANSLATION INITIATION FACTOR 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4811
ポリマ－24,4811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.067, 46.964, 84.607
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.53, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 TRANSLATION INITIATION FACTOR 6 / EIF-6


分子量: 24481.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: MJ0048 / プラスミド: PET28A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q60357
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 704 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.06 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 31% PEG-MME 2000, 0.200M Ammonium sulfate, 0.100M MES pH 5.6, 3mM Xylitol, 10mM glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 48 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
131 %(w/v)PEG2000 MME1reservoir
2100 mMMES1reservoirpH5.6
3200 mMammonium sulfate1reservoir
43 mMxylitol1reservoir
510 %(v/v)glycerol1reservoir
61 mMTCEP1reservoir
73.5 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.91825 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年2月25日
放射モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91825 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→25 Å / Num. all: 110636 / Num. obs: 110636 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 34
反射 シェル解像度: 1.3→25 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.235 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Num. unique all: 20604 / % possible all: 93
反射
*PLUS
最高解像度: 1.3 Å / 最低解像度: 25 Å / Num. measured all: 463351
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.4 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.3→25 Å / σ(F): 4 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: CNS defined library
詳細: the following residue side chains were flagged during the last round of SHELX refinement as having parameters which disagree with the restraints: 2003, 2024, 4006, 4010, 4099
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.179 11040 -Random
Rwork0.132 ---
obs0.132 110239 94 %-
all-110239 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3386 0 0 704 4090
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
LS精密化 シェル解像度: 1.3→25 Å /
Rfactor%反射
Rfree0.179 -
Rwork0.132 -
obs-95 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.3 Å / 最低解像度: 25 Å / σ(F): 4 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg2.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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