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万見
- PDB-1g5x: The Structure of Beta-Ketoacyl-[Acyl Carrier Protein] Synthase I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g5x
タイトルThe Structure of Beta-Ketoacyl-[Acyl Carrier Protein] Synthase I
要素BETA-KETOACYL ACYL CARRIER PROTEIN SYNTHASE I
キーワードTRANSFERASE / enzyme / gene duplication
機能・相同性
機能・相同性情報


monounsaturated fatty acid biosynthetic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain ...Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Zhang, Y.M. / Rao, M.S. / Heath, R.J. / Price, A.C. / Olson, A.J. / Rock, C.O. / White, S.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Identification and analysis of the acyl carrier protein (ACP) docking site on beta-ketoacyl-ACP synthase III.
著者: Zhang, Y.M. / Rao, M.S. / Heath, R.J. / Price, A.C. / Olson, A.J. / Rock, C.O. / White, S.W.
履歴
登録2000年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-KETOACYL ACYL CARRIER PROTEIN SYNTHASE I
B: BETA-KETOACYL ACYL CARRIER PROTEIN SYNTHASE I
C: BETA-KETOACYL ACYL CARRIER PROTEIN SYNTHASE I
D: BETA-KETOACYL ACYL CARRIER PROTEIN SYNTHASE I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,6254
ポリマ－170,6254
非ポリマー00
水7,206400
1
A: BETA-KETOACYL ACYL CARRIER PROTEIN SYNTHASE I
B: BETA-KETOACYL ACYL CARRIER PROTEIN SYNTHASE I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,3122
ポリマ－85,3122
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5880 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area24230 Å2
手法PISA
2
C: BETA-KETOACYL ACYL CARRIER PROTEIN SYNTHASE I
D: BETA-KETOACYL ACYL CARRIER PROTEIN SYNTHASE I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,3122
ポリマ－85,3122
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5920 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area24420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.1, 139.6, 212.3
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is the dimer formed by chains A and B / The biological assembly is the dimer formed by chains C and D

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要素

#1: タンパク質
BETA-KETOACYL ACYL CARRIER PROTEIN SYNTHASE I / 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE I / BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASE I


分子量: 42656.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: FABB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A953, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.07 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: ammonium sulfate, PEG 400, tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.0 Mammonium sulfate1reservoir
220 %PEG4001reservoir
3100 mMTris1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年12月13日 / 詳細: osmic confocal mirrors
放射モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→19.9 Å / Num. all: 64781 / Num. obs: 64781 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 38.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.247 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Num. unique all: 3015 / % possible all: 95.3
反射
*PLUS

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: beta-ketoacyl acyl carrier protein synthase II

解像度: 2.45→19.9 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.266 5874 RANDOM
Rwork0.199 --
all0.206 57865 -
obs0.206 57865 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→19.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11820 0 0 400 12220
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.35
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.56 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.319 676
Rwork0.267 -
obs-6342
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 19.9 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.199
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.319 / Rfactor Rwork: 0.267

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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