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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g5p | ||||||
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タイトル | NITROGENASE IRON PROTEIN FROM AZOTOBACTER VINELANDII | ||||||
![]() | NITROGENASE IRON PROTEIN | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / IRON PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitrogenase / : / nitrogenase activity / nitrogen fixation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Strop, P. / Takahara, P.M. / Chiu, H.J. / Angove, H.C. / Burgess, B.K. / Rees, D.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the all-ferrous [4Fe-4S]0 form of the nitrogenase iron protein from Azotobacter vinelandii. 著者: Strop, P. / Takahara, P.M. / Chiu, H. / Angove, H.C. / Burgess, B.K. / Rees, D.C. #1: ![]() タイトル: Crystallographic Structure of the Nitrogenase Iron Protein from Azotobacter vinelandii 著者: KOMIYA, H. / GEORGIADIS, M.M. / CHAKRABARTI, P.P. / WOO, D. / KORNUC, J.J. / REES, D.C. #2: ![]() タイトル: CONFORMATIONAL VARIABILITY IN STRUCTURES OF THE NITROGENASE IRON PROTEINS FROM AZOTOBACTER VINELANDII AND CLOSTRIDIUM PASTEURIANUM 著者: SCHLESSMAN, J.L. / WOO, D. / JOSHUA-TOR, L. / HOWARD, J.B. / REES, D.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 127.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 98.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31417.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GENE: NIFH / 由来: (天然) ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SF4 / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.73 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: liquid diffusion / pH: 8 詳細: 25-30% PEG 4000, 140-200 mM NA2MOO4, 100 mM TRIS-CL, PH 8.0; PROTEIN WAS IN 20% GLYCEROL, 50 mM TRIS-CL, PH 8.0, 450 mM NACL, AND 2 mM NA2S2O4 , LIQUID DIFFUSION, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: batch method | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年3月1日 |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.13→50 Å / Num. obs: 29060 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 6.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.309 / % possible all: 94.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1NIP 解像度: 2.2→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.025
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 50 Å / Rfactor Rfree: 0.29 | ||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / Rfactor Rfree: 0.336 / Rfactor Rwork: 0.295 |