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万見
- PDB-1g5g: FRAGMENT OF FUSION PROTEIN FROM NEWCASTLE DISEASE VIRUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g5g
タイトルFRAGMENT OF FUSION PROTEIN FROM NEWCASTLE DISEASE VIRUS
要素Fusion glycoprotein F0
キーワードVIRAL PROTEIN / fusion protein / NDV / Newcastle disease virus / paramyxovirus
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #2480 / Head and neck region of the ectodomain of NDV fusion glycoprotein / Newcastle disease virus like domain / Head and neck region of the ectodomain of NDV fusion glycoprotein / Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Helix Hairpins / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich ...Helix Hairpins - #2480 / Head and neck region of the ectodomain of NDV fusion glycoprotein / Newcastle disease virus like domain / Head and neck region of the ectodomain of NDV fusion glycoprotein / Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Helix Hairpins / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0 / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Avian orthoavulavirus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換, phase extension / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Lawrence, M.C. / Smith, B.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: The structure of the fusion glycoprotein of Newcastle disease virus suggests a novel paradigm for the molecular mechanism of membrane fusion.
著者: Chen, L. / Gorman, J.J. / McKimm-Breschkin, J. / Lawrence, L.J. / Tulloch, P.A. / Smith, B.J. / Colman, P.M. / Lawrence, M.C.
履歴
登録2000年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12022年12月21日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / entity_src_gen / entity_src_nat / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_end

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion glycoprotein F0
B: Fusion glycoprotein F0
C: Fusion glycoprotein F0
D: Fusion glycoprotein F0
E: Fusion glycoprotein F0
F: Fusion glycoprotein F0
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)310,96318
ポリマ－306,5216
非ポリマー4,44212
水00
1
A: Fusion glycoprotein F0
B: Fusion glycoprotein F0
C: Fusion glycoprotein F0
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,7669
ポリマ－153,2613
非ポリマー2,5056
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25830 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area43770 Å2
手法PISA
2
D: Fusion glycoprotein F0
E: Fusion glycoprotein F0
F: Fusion glycoprotein F0
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,1979
ポリマ－153,2613
非ポリマー1,9376
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25070 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area43580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.39, 308.33, 243.00
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Fusion glycoprotein F0


分子量: 51086.871 Da / 分子数: 6
断片: FULL-LENGTH ECTODOMAIN (RESIDUES L32-R501) FOLLOWED BY C-MYC PURIFICATION TAG
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Avian orthoavulavirus 1 (ウイルス)
属: Avulavirus
株: Newcastle disease virus strain Queensland/66, V4 ISOLATE
参照: UniProt: A9LSB1, UniProt: P35936*PLUS
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 15

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
14.170.04
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2931蒸気拡散法, ハンギングドロップ法6.5ammonium sulphate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K
2932蒸気拡散法, ハンギングドロップ法8.5Tris HCL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K
結晶化
*PLUS
手法: unknown / 詳細: unpublished data

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11081
21081
32771
42771
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長波長 (Å)
回転陽極MACSCIENCE11.54181.5418
回転陽極MACSCIENCE21.54181.5418
シンクロトロンAPS 14-BM-C31.0371.037
シンクロトロンAPS 14-BM-D411
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS II1IMAGE PLATE1999
RIGAKU RAXIS IV2IMAGE PLATE1999
ADSC QUANTUM 43CCD1999
ADSC QUANTUM 44CCD1999
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
21.0371
311
反射解像度: 3.3→25 Å / Num. all: 76017 / Num. obs: 73130 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Net I/σ(I): 7.04
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.812 / Num. unique all: 7502 / % possible all: 87.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 438164
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.2 % / Rmerge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 1.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換, phase extension / 解像度: 3.3→8 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.273 3359 RANDOM
Rwork0.224 --
all-70418 -
obs-65746 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16050 0 291 0 16341
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.224
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 1.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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