PDB-1g4f: NMR STRUCTURE OF THE FIFTH DOMAIN OF HUMAN BETA2-GLYCOPROTEIN I

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1g4f

タイトル

NMR STRUCTURE OF THE FIFTH DOMAIN OF HUMAN BETA2-GLYCOPROTEIN I

要素

BETA2-GLYCOPROTEIN I

キーワード

SIGNALING PROTEIN / short consensus repeat / sushi-domain

機能・相同性

機能・相同性情報

triglyceride transport / lipoprotein lipase activator activity / platelet dense granule lumen / positive regulation of lipoprotein lipase activity / blood coagulation, intrinsic pathway / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / regulation of fibrinolysis / chylomicron / high-density lipoprotein particle / very-low-density lipoprotein particle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Hoshino, M. / Hagihara, Y. / Nishii, I. / Yamazaki, T. / Kato, H. / Goto, Y.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Identification of the phospholipid-binding site of human beta(2)-glycoprotein I domain V by heteronuclear magnetic resonance.
著者: Hoshino, M. / Hagihara, Y. / Nishii, I. / Yamazaki, T. / Kato, H. / Goto, Y.

履歴

登録	2000年10月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1g4f.cif.gz	528.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1g4f.ent.gz	440.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1g4f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/1g4f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/1g4f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1g4gC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3pxm-1 3exx-d 1py4-2 6myi-2 3m1b-2 6ngg-2 3zzr-d 5o3s-d 3aqa-1 3m1b-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (5) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (5)

登録構造単位

A: BETA2-GLYCOPROTEIN I

9.76 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #18	closest to the average

#1: タンパク質	BETA2-GLYCOPROTEIN I 分子量: 9755.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P02749
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
2	2	1	3D 13C-separated ROESY
1	3	1	HNCO-TROSY
1	4	1	HMQC-J
1	5	1	HNHB
1	6	1	HN(CO)HB
1	7	1	N15-TOCSY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1mM beta2-glycoprotein I domain V U-15N; 20mM Na-phosphate buffer, pH 6.0; 90% H2O, 10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	1mM beta2-glycoprotein I domain V U-15N,13C; 20mM Na-phosphate buffer, pD 6.0; 100% D2O	100% D2O

試料状態

イオン強度: 0.12 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	1
Bruker DRX	Bruker	DRX	800	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.841	Brunger	構造決定
X-PLOR	3.841	Brunger	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 1402 restraints, 1288 are NOE-derived distance constraints, 88 dihedral angle restraints, 26 distance restraints from hydrogen bonds

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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