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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g3u | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS THYMIDYLATE KINASE COMPLEXED WITH THYMIDINE MONOPHOSPHATE (TMP) | ||||||
![]() | THYMIDYLATE KINASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / TRANSFERASE (ATP:TMP PHOSPHOTRANSFERASE) / KINASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() TMP metabolic process / dUDP biosynthetic process / dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / GTP binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding ...TMP metabolic process / dUDP biosynthetic process / dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / GTP binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li de la Sierra, I. / Munier-Lehmann, H. / Gilles, A.M. / Barzu, O. / Delarue, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray structure of TMP kinase from Mycobacterium tuberculosis complexed with TMP at 1.95 A resolution. 著者: Li de la Sierra, I. / Munier-Lehmann, H. / Gilles, A.M. / Barzu, O. / Delarue, M. #1: ![]() タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of the thymidylate kinase from Mycobacterium tuberculosis 著者: Li de la Sierra, I. / Munier-Lehmann, H. / Gilles, A.M. / Barzu, O. / Delarue, M. #2: ![]() タイトル: THYMIDYLATE KINASE OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS : A CHIMERA SHARING PROPERTIES COMMON TO EUKARYOTIC AND BACTERIALENZYMES 著者: Munier-Lehmann, H. / Chaffotte, A. / Labesse, G. / Pochet, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 56.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 39.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a homodimer |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22662.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PET22B / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MG / | #4: 化合物 | ChemComp-TMP / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.02 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG 2000, ammonium sulfate, magnesium acetate, beta-mercaptoethanol, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年4月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.94 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→38.31 Å / Num. all: 17694 / Num. obs: 17694 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 27.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 38.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.227 / Mean I/σ(I) obs: 8.6 / Num. unique all: 1209 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS % possible obs: 100 % / Num. measured all: 184676 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.9 % / Num. unique obs: 1209 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.95→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: PROTEIN dict.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.216 / Rfactor Rfree: 0.25 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |