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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g2r | ||||||
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タイトル | Structure of Cytosolic Protein of Unknown Function Coded by Gene from NUSA/INFB Region, a YlxR Homologue | ||||||
![]() | HYPOTHETICAL CYTOSOLIC PROTEIN | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / hypothetical / NusA-InfB operon / Streptococcus pneumoniae / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | ![]() YlxR-like / YlxR domain / YlxR-like superfamily / YlxR / Protein of unknown function (DUF448) / Hypothetical Cytosolic Protein; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Osipiuk, J. / Gornicki, P. / Maj, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Streptococcus pneumonia YlxR at 1.35 A shows a putative new fold. 著者: Osipiuk, J. / Gornicki, P. / Maj, L. / Dementieva, I. / Laskowski, R. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 59.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 43.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11545.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.62 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.2 M potassium sodium tartrate, 0.1 M tri-sodium citrate, 2.0 M ammonium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月15日 |
放射 | モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→30 Å / Num. all: 21402 / Num. obs: 101345 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 15.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.269 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 684 / % possible all: 61.3 |
反射 | *PLUS Num. obs: 21402 / Num. measured all: 101345 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 61.3 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 62.17 Å2 / ksol: 0.398 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→29.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.35→1.42 Å / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 7.3 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 20.4 Å2 |