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- PDB-1g2r: Structure of Cytosolic Protein of Unknown Function Coded by Gene ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g2r
タイトルStructure of Cytosolic Protein of Unknown Function Coded by Gene from NUSA/INFB Region, a YlxR Homologue
要素HYPOTHETICAL CYTOSOLIC PROTEIN
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / hypothetical / NusA-InfB operon / Streptococcus pneumoniae / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


YlxR-like / YlxR domain / YlxR-like superfamily / YlxR / Protein of unknown function (DUF448) / Hypothetical Cytosolic Protein; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
YlxR domain-containing protein / YlxR domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Gornicki, P. / Maj, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Streptococcus pneumonia YlxR at 1.35 A shows a putative new fold.
著者: Osipiuk, J. / Gornicki, P. / Maj, L. / Dementieva, I. / Laskowski, R. / Joachimiak, A.
履歴
登録2000年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOTHETICAL CYTOSOLIC PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8344
ポリマ－11,5451
非ポリマー2883
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)28.050, 48.750, 73.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HYPOTHETICAL CYTOSOLIC PROTEIN


分子量: 11545.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
プラスミド: PET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q97S59, UniProt: A0A0H2UNW2*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.62 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 M potassium sodium tartrate, 0.1 M tri-sodium citrate, 2.0 M ammonium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
結晶化
*PLUS
pH: 7.4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
12 mMprotein1drop
210 mMTris-HCl1drop
320 mM1dropNaCl
41 mMdithiothreitol1drop
50.2 Mpotassium sodium tartrate1reservoir
6100 mMsodium acetate1reservoir
72 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月15日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→30 Å / Num. all: 21402 / Num. obs: 101345 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 15.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.269 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 684 / % possible all: 61.3
反射
*PLUS
Num. obs: 21402 / Num. measured all: 101345
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 61.3 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
CNS精密化
REFMAC精密化
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.35→29.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 780502.53 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1846 1573 7.3 %RANDOM
Rwork0.1568 ---
all0.1564 21218 --
obs0.1564 21402 93.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 62.17 Å2 / ksol: 0.398 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20 Å20 Å2
2--0.3 Å20 Å2
3----0.44 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.16 Å0.16 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.15 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→29.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数835 0 15 131 981
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0130.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0310.04
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0340.05
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.42 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 169 8.2 %
Rwork0.185 2392 -
obs-1904 68 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 7.3 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 20.4 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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