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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g0i | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF MJ0109 GENE PRODUCT INOSITOL MONOPHOSPHATASE-FRUCTOSE 1,6 BISPHOSPHATASE | ||||||
![]() | INOSITOL MONOPHOSPHATASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / HOMODIMER / COMPLEXED WITH Mn2+ / inositol / and phosphate | ||||||
機能・相同性 | ![]() inositol-phosphate phosphatase / inositol monophosphate 3-phosphatase activity / inositol monophosphate 4-phosphatase activity / inositol monophosphate 1-phosphatase activity / inositol metabolic process / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / signal transduction / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Johnson, K.A. / Chen, L. / Yang, H. / Roberts, M.F. / Stec, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure and catalytic mechanism of the MJ0109 gene product: a bifunctional enzyme with inositol monophosphatase and fructose 1,6-bisphosphatase activities. 著者: Johnson, K.A. / Chen, L. / Yang, H. / Roberts, M.F. / Stec, B. #1: ![]() タイトル: MJ0109 is an Enzyme that is Both an Inositol Monophosphatse and the 'Missing' Archaeal Fructose-1,6-Bisphosphatase 著者: Stec, B. / Yang, H. / Johnson, K.A. / Chen, L. / Roberts, M.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 115.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 89.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 455.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 497.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer constructed from chain A and B |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28611.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PET23A+ / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.42 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: PEG 8000, sodium chloride, manganese chloride, TRIS, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年7月26日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 26181 / Num. obs: 25134 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 38.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 7.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique all: 2758 / % possible all: 90.5 |
反射 | *PLUS Num. obs: 26224 / % possible obs: 97.4 % / Rmerge(I) obs: 0.09 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94.5 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: 1AWB 解像度: 2.4→12 Å / Num. parameters: 16495 / Num. restraintsaints: 16934 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: conjugated gradient least squares
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 0 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→12 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 12 Å / σ(F): 0 / Rfactor all: 0.251 / Rfactor obs: 0.192 / Rfactor Rfree: 0.322 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: s_angle_d / Dev ideal: 0.021 |