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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fy8 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE DELTAILE16VAL17 RAT ANIONIC TRYPSINOGEN-BPTI COMPLEX | ||||||
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![]() | hydrolase/hydrolase inhibitor / protein-protein complex / protease-inhibitor complex / beta barrel / hydrolase-hydrolase inhibitor COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() Antimicrobial peptides / Alpha-defensins / Activation of Matrix Metalloproteinases / trypsinogen activation / negative regulation of serine-type endopeptidase activity / sulfate binding / potassium channel inhibitor activity / negative regulation of platelet aggregation / zymogen binding / Neutrophil degranulation ...Antimicrobial peptides / Alpha-defensins / Activation of Matrix Metalloproteinases / trypsinogen activation / negative regulation of serine-type endopeptidase activity / sulfate binding / potassium channel inhibitor activity / negative regulation of platelet aggregation / zymogen binding / Neutrophil degranulation / molecular function inhibitor activity / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / collagen catabolic process / trypsin / serine protease inhibitor complex / digestion / response to nutrient / serine-type endopeptidase inhibitor activity / protease binding / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Pasternak, A. / White, A. / Jeffery, C.J. / Ringe, D. / Hedstrom, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The energetic cost of induced fit catalysis: Crystal structures of trypsinogen mutants with enhanced activity and inhibitor affinity. 著者: Pasternak, A. / White, A. / Jeffery, C.J. / Medina, N. / Cahoon, M. / Ringe, D. / Hedstrom, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 72.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 52.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 381.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 384.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24735.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 器官: PANCREAS / プラスミド: PYT / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 6527.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-CA / | ||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.91 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 4000, lithium sulfate, tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→10 Å / Num. all: 160328 / Num. obs: 160328 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 1.83→1.91 Å / Rmerge(I) obs: 0.1 / % possible all: 74.1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / Num. obs: 32489 / Num. measured all: 160328 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.7→10 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 32489 / σ(F): 0 / Num. reflection Rfree: 3249 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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