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- PDB-1fx2: STRUCTURAL ANALYSIS OF ADENYLATE CYCLASES FROM TRYPANOSOMA BRUCEI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fx2
タイトルSTRUCTURAL ANALYSIS OF ADENYLATE CYCLASES FROM TRYPANOSOMA BRUCEI IN THEIR MONOMERIC STATE
要素RECEPTOR-TYPE ADENYLATE CYCLASE GRESAG 4.1
キーワードLYASE / cAMP / trypanosomes / adenylyl cyclases / monomer-dimer / catalysis
機能・相同性
機能・相同性情報


adenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / intracellular signal transduction / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Adenylate cyclase, periplasmic binding protein-like domain / Adenylate cyclase, periplasmic binding protein-like domain / : / Nucleotide cyclase, GGDEF domain / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Guanylate cyclase domain profile. ...: / : / Adenylate cyclase, periplasmic binding protein-like domain / Adenylate cyclase, periplasmic binding protein-like domain / : / Nucleotide cyclase, GGDEF domain / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase / Periplasmic binding protein-like I / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / Receptor-type adenylate cyclase GRESAG 4.1
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Bieger, B. / Essen, L.-O.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2001
タイトル: Structural analysis of adenylate cyclases from Trypanosoma brucei in their monomeric state.
著者: Bieger, B. / Essen, L.O.
履歴
登録2000年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Advisory / Refinement description
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
改定 1.42018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52024年2月7日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RECEPTOR-TYPE ADENYLATE CYCLASE GRESAG 4.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7553
ポリマ－26,5051
非ポリマー2502
水4,900272
1
A: RECEPTOR-TYPE ADENYLATE CYCLASE GRESAG 4.1
ヘテロ分子

A: RECEPTOR-TYPE ADENYLATE CYCLASE GRESAG 4.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5106
ポリマ－53,0092
非ポリマー5014
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x+1/2,-y+3/2,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.600, 60.070, 78.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly in the catalytic state is a dimer

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要素

#1: タンパク質 RECEPTOR-TYPE ADENYLATE CYCLASE GRESAG 4.1


分子量: 26504.740 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
株: STRAIN 927 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99279, adenylate cyclase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.49 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 20 mM Tris/HCl, 1.8-1.9 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 18K
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
16 mg/mlprotein1drop
25 mMTris-HCl1drop
325 %(w/v)PEG40001reservoir
40.2 M1reservoirMgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.833
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.833 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→10 Å / Num. all: 498167 / Num. obs: 40911 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 13.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 24.7
反射 シェル解像度: 1.44→1.48 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.283 / Num. unique all: 2799 / % possible all: 98.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 498167
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
SOLOMON位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.46→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1440982.24 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 1111 2.8 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.178 39779 95.7 %-
all-498167 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 68.42 Å2 / ksol: 0.431 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.32 Å20 Å20 Å2
2---2.98 Å20 Å2
3----3.34 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.16 Å0.14 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1894 0 13 272 2179
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.031
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.26
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.961.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.232
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.062
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.562.5
LS精密化 シェル解像度: 1.46→1.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 165 2.6 %
Rwork0.222 6135 -
obs--92.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DTT.PARAMDTT.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PARAM.PO4TOP.PO4
X-RAY DIFFRACTION4WATER.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 2.8 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 20.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg2.26
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.264 / % reflection Rfree: 2.6 % / Rfactor Rwork: 0.222

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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