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- PDB-1fwk: CRYSTAL STRUCTURE OF HOMOSERINE KINASE COMPLEXED WITH ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fwk
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HOMOSERINE KINASE COMPLEXED WITH ADP
要素HOMOSERINE KINASE
キーワードTRANSFERASE / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


homoserine kinase / homoserine kinase activity / threonine biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Homoserine kinase / GHMP kinase, ATP-binding, conserved site / GHMP kinases putative ATP-binding domain. / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 ...Homoserine kinase / GHMP kinase, ATP-binding, conserved site / GHMP kinases putative ATP-binding domain. / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Homoserine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Zhou, T. / Daugherty, M. / Grishin, N.V. / Osterman, A.L. / Zhang, H.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: Structure and mechanism of homoserine kinase: prototype for the GHMP kinase superfamily.
著者: Zhou, T. / Daugherty, M. / Grishin, N.V. / Osterman, A.L. / Zhang, H.
履歴
登録2000年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HOMOSERINE KINASE
B: HOMOSERINE KINASE
C: HOMOSERINE KINASE
D: HOMOSERINE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,9319
ポリマ－129,1974
非ポリマー1,7335
水10,737596
1
A: HOMOSERINE KINASE
B: HOMOSERINE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4534
ポリマ－64,5992
非ポリマー8542
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4330 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area23840 Å2
手法PISA
2
C: HOMOSERINE KINASE
D: HOMOSERINE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4775
ポリマ－64,5992
非ポリマー8793
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4520 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area23190 Å2
手法PISA
3
C: HOMOSERINE KINASE
D: HOMOSERINE KINASE
ヘテロ分子

A: HOMOSERINE KINASE
B: HOMOSERINE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,9319
ポリマ－129,1974
非ポリマー1,7335
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_756-x+2,y+1/2,-z+11
Buried area10350 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area45530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.206, 129.147, 109.773
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a dimer: chain A and B or chain C and D in the asymmeric unit.

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要素

#1: タンパク質
HOMOSERINE KINASE / HK


分子量: 32299.371 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58504, homoserine kinase
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 596 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG4000, sodium acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.2
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110-15 mg/mlprotein1drop
250 mMHEPES1drop
3150 mM1dropNaCl
41 mMdithiothreitol1drop
50.1 MTris-HCl1drop
60.2 MNa acetate1drop
725 %PEG40001drop
820 %PEG40001reservoir
90.1 MTris-HCl1reservoir
100.2 MNa acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. all: 97265 / Num. obs: 96677 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 29.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / Rmerge(I) obs: 0.026 / Num. unique all: 4826 / % possible all: 99.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 316441
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.65

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
CNS精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.1→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Hube
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 4832 -RANDOM
Rwork0.209 ---
all-97265 --
obs-96677 99.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9076 0 109 596 9781
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.69
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.013

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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