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万見
- PDB-1fwj: KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, NATIVE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fwj
タイトルKLEBSIELLA AEROGENES UREASE, NATIVE
要素(UREASE) x 3
キーワードHYDROLASE / HYDROLASE(UREA AMIDO) / NICKEL METALLOENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


urease complex / urease / urease activity / urea catabolic process / nickel cation binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Urease, subunit B / Urease, beta subunit / Urease; subunit A / Urease, gamma-like subunit / Urease, gamma subunit / : / Urease active site / Urease active site. / Urease nickel binding site / Urease nickel ligands signature. ...Urease, subunit B / Urease, beta subunit / Urease; subunit A / Urease, gamma-like subunit / Urease, gamma subunit / : / Urease active site / Urease active site. / Urease nickel binding site / Urease nickel ligands signature. / Urease, beta subunit / Urease, alpha subunit / Urease alpha subunit, C-terminal / Urease, beta subunit superfamily / Urease beta subunit / Urease domain profile. / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease, gamma/gamma-beta subunit / Urease, gamma subunit superfamily / : / Urease, gamma subunit / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Ribbon / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Urease subunit alpha / Urease subunit beta / Urease subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella aerogenes (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Pearson, M.A. / Karplus, P.A.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Structures of Cys319 variants and acetohydroxamate-inhibited Klebsiella aerogenes urease.
著者: Pearson, M.A. / Michel, L.O. / Hausinger, R.P. / Karplus, P.A.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Structures of the Klebsiella Aerogenes Urease Apoenzyme and Two Active-Site Mutants
著者: Jabri, E. / Karplus, P.A.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1995
タイトル: The Crystal Structure of Urease from Klebsiella Aerogenes
著者: Jabri, E. / Carr, M.B. / Hausinger, R.P. / Karplus, P.A.
履歴
登録1997年4月23日処理サイト: BNL
置き換え1997年10月15日ID: 1KAU
改定 1.01997年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UREASE
B: UREASE
C: UREASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,3405
ポリマ－83,2233
非ポリマー1172
水3,189177
1
A: UREASE
B: UREASE
C: UREASE
ヘテロ分子

A: UREASE
B: UREASE
C: UREASE
ヘテロ分子

A: UREASE
B: UREASE
C: UREASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)250,02015
ポリマ－249,6689
非ポリマー3526
水1629
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area48170 Å2
ΔGint-322 kcal/mol
Surface area55360 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)170.800, 170.800, 170.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

#1: タンパク質 UREASE / UREA AMIDOHYDROLASE


分子量: 11100.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes (バクテリア)
プラスミド: PKAU19 / 遺伝子 (発現宿主): UREA, UREB, UREC / 発現宿主: Klebsiella aerogenes (バクテリア) / 株 (発現宿主): CG253 / 参照: UniProt: P18316, urease
#2: タンパク質 UREASE / UREA AMIDOHYDROLASE


分子量: 11712.239 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes (バクテリア)
プラスミド: PKAU19 / 遺伝子 (発現宿主): UREA, UREB, UREC / 発現宿主: Klebsiella aerogenes (バクテリア) / 株 (発現宿主): CG253 / 参照: UniProt: P18315, urease
#3: タンパク質 UREASE / UREA AMIDOHYDROLASE


分子量: 60409.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes (バクテリア)
プラスミド: PKAU19 / 遺伝子 (発現宿主): UREA, UREB, UREC / 発現宿主: Klebsiella aerogenes (バクテリア) / 株 (発現宿主): CG253 / 参照: UniProt: P18314, urease
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THREE WATERS, 500, 501, AND 502 ARE LIGATED TO THE ACTIVE SITE NICKEL IONS. THEY MUST BE PARTIALLY ...THREE WATERS, 500, 501, AND 502 ARE LIGATED TO THE ACTIVE SITE NICKEL IONS. THEY MUST BE PARTIALLY OCCUPIED DUE TO CLOSE OXYGEN-OXYGEN DISTANCES BETWEEN THEM.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Jabri, E., (1992) J.Mol.Biol., 227, 934.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlurease1drop
210 mMTris1drop
30.5 mMEDTA1drop
40.5 mMbeta-mercaptoethanol1drop
50.75-0.85 M1dropLi2SO4
650 mMHEPES1drop
71.5-1.7 M1reservoirLi2SO4
8100 mMHEPES1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.173 / Rfactor obs: 0.173 / 最高解像度: 2.2 Å
詳細: ALL NON-BONDED INTERACTIONS WERE REMOVED BETWEEN THE ACTIVE SITE NICKEL IONS AND NICKEL-BOUND WATERS 500, 501, 502. THE OCCUPANCIES FOR ACTIVE SITE WATERS HOH 500 - HOH 502 WERE REFINED WITH ...詳細: ALL NON-BONDED INTERACTIONS WERE REMOVED BETWEEN THE ACTIVE SITE NICKEL IONS AND NICKEL-BOUND WATERS 500, 501, 502. THE OCCUPANCIES FOR ACTIVE SITE WATERS HOH 500 - HOH 502 WERE REFINED WITH A FIXED B-FACTOR OF 20 ANGSTROMS**2. THE REFINED OCCUPANCIES FOR THESE WATERS SUGGEST NEARLY FULL OCCUPANCY FOR EACH OF THEM, ALTHOUGH THEY ARE POSITIONED TOO CLOSE (~ 2.0 ANGSTROMS APART) FOR SIMULTANEOUS OCCUPANCY. THE OCCUPANCIES FOR ACTIVE SITE WATERS HOH 500 - HOH 502 WERE REFINED WITH A FIXED B-FACTOR OF 20 ANGSTROMS**2. THE REFINED OCCUPANCIES FOR THESE WATERS SUGGEST NEARLY FULL OCCUPANCY FOR EACH OF THEM, ALTHOUGH THEY ARE POSITIONED TOO CLOSE (~ 2.0 ANGSTROMS APART) FOR SIMULTANEOUS OCCUPANCY.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5789 0 2 177 5968

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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