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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fwc | ||||||
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タイトル | KLEBSIELLA AEROGENES UREASE, C319A VARIANT AT PH 8.5 | ||||||
![]() | (UREASE) x 3 | ||||||
![]() | HYDROLASE / HYDROLASE(UREA AMIDO) / MUTANT / NICKEL METALLOENZYME | ||||||
機能・相同性 | ![]() urease complex / urease / urease activity / urea catabolic process / nickel cation binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Pearson, M.A. / Karplus, P.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of Cys319 variants and acetohydroxamate-inhibited Klebsiella aerogenes urease. 著者: Pearson, M.A. / Michel, L.O. / Hausinger, R.P. / Karplus, P.A. #1: ![]() タイトル: Structures of the Klebsiella Aerogenes Urease Apoenzyme and Two Active-Site Mutants 著者: Jabri, E. / Karplus, P.A. #2: ![]() タイトル: The Crystal Structure of Urease from Klebsiella Aerogenes 著者: Jabri, E. / Carr, M.B. / Hausinger, R.P. / Karplus, P.A. #3: ![]() タイトル: Site-Directed Mutagenesis of the Active Site Cysteine in Klebsiella Aerogenes Urease 著者: Martin, P.R. / Hausinger, R.P. #4: ![]() タイトル: Identification of the Essential Cysteine Residue in Klebsiella Aerogenes Urease 著者: Todd, M.J. / Hausinger, R.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 158.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 128.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 435.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 439.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 42.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11100.928 Da / 分子数: 1 / 変異: C(C 319)A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PH 8.5 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PKAU17 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 11712.239 Da / 分子数: 1 / 変異: C(C 319)A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PH 8.5 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PKAU17 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
#3: タンパク質 | 分子量: 60377.289 Da / 分子数: 1 / 変異: C(C 319)A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PH 8.5 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PKAU17 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | THIS MODEL IS THAT OF THE C319A MUTANT (PH=8.5) AT 2.0 ANGSTROMS. THE ACTIVE SITE IS NEARLY ...THIS MODEL IS THAT OF THE C319A MUTANT (PH=8.5) AT 2.0 ANGSTROMS. THE ACTIVE SITE IS NEARLY IDENTICAL TO THAT OF THE HOLOENZYME | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Jabri, E., (1992) J.Mol.Biol., 227, 934. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 53755 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.053 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.07 Å / % possible obs: 68 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.259 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→10 Å / σ(F): 0 詳細: ALL NON-BONDED INTERACTIONS WERE REMOVED BETWEEN THE ACTIVE SITE NICKEL IONS AND NICKEL-BOUND WATERS 500, 501, 502. THE OCCUPANCIES FOR ACTIVE SITE WATERS HOH 500 - HOH 502 WERE REFINED WITH ...詳細: ALL NON-BONDED INTERACTIONS WERE REMOVED BETWEEN THE ACTIVE SITE NICKEL IONS AND NICKEL-BOUND WATERS 500, 501, 502. THE OCCUPANCIES FOR ACTIVE SITE WATERS HOH 500 - HOH 502 WERE REFINED WITH A FIXED B-FACTOR OF 20 ANGSTROMS**2. THE REFINED OCCUPANCIES FOR THESE WATERS SUGGEST NEARLY FULL OCCUPANCY FOR EACH OF THEM, ALTHOUGH THEY ARE POSITIONED TOO CLOSE (~ 2.0 ANGSTROMS APART) FOR SIMULTANEOUS OCCUPANCY. THE OCCUPANCIES FOR ACTIVE SITE WATERS HOH 500 - HOH 502 WERE REFINED WITH A FIXED B-FACTOR OF 20 ANGSTROMS**2. THE REFINED OCCUPANCIES FOR THESE WATERS SUGGEST NEARLY FULL OCCUPANCY FOR EACH OF THEM, ALTHOUGH THEY ARE POSITIONED TOO CLOSE (~ 2.0 ANGSTROMS APART) FOR SIMULTANEOUS OCCUPANCY.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
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拘束条件 |
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