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万見
- PDB-1fvm: Complex of vancomycin with DI-acetyl-LYS-D-ALA-D-ALA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fvm
タイトルComplex of vancomycin with DI-acetyl-LYS-D-ALA-D-ALA
要素
  • DI-ACETYL-LYS-D-ALA-D-ALA
  • VANCOMYCIN
キーワードPEPTIDE/ANTIBIOTIC / PEPTIDE-ANTIBIOTIC COMPLEX / GLYCOPEPTIDE / ANTIBIOTIC / VANCOMYCIN / CELL WALL PRECURSOR / STRUCTURAL PROTEIN-ANTIBIOTIC COMPLEX
機能・相同性Vancomycin / :
機能・相同性情報
生物種AMYCOLATOPSIS ORIENTALIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Nitanai, Y. / Kakoi, K. / Aoki, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal Structures of the Complexes between Vancomycin and Cell-Wall Precursor Analogs.
著者: Nitanai, Y. / Kikuchi, T. / Kakoi, K. / Hanamaki, S. / Fujisawa, I. / Aoki, K.
履歴
登録2000年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02000年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_poly / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VANCOMYCIN
B: VANCOMYCIN
C: VANCOMYCIN
D: VANCOMYCIN
E: VANCOMYCIN
F: VANCOMYCIN
G: DI-ACETYL-LYS-D-ALA-D-ALA
H: DI-ACETYL-LYS-D-ALA-D-ALA
I: DI-ACETYL-LYS-D-ALA-D-ALA
J: DI-ACETYL-LYS-D-ALA-D-ALA
K: DI-ACETYL-LYS-D-ALA-D-ALA
L: DI-ACETYL-LYS-D-ALA-D-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,07418
ポリマ－9,13412
非ポリマー1,9406
水2,018112
1
A: VANCOMYCIN
G: DI-ACETYL-LYS-D-ALA-D-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,8463
ポリマ－1,5222
非ポリマー3231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-2.9 kcal/mol
Surface area1540 Å2
手法PISA
2
B: VANCOMYCIN
H: DI-ACETYL-LYS-D-ALA-D-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,8463
ポリマ－1,5222
非ポリマー3231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area960 Å2
ΔGint-3.6 kcal/mol
Surface area1480 Å2
手法PISA
3
C: VANCOMYCIN
I: DI-ACETYL-LYS-D-ALA-D-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,8463
ポリマ－1,5222
非ポリマー3231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area940 Å2
ΔGint-2.6 kcal/mol
Surface area1540 Å2
手法PISA
4
D: VANCOMYCIN
J: DI-ACETYL-LYS-D-ALA-D-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,8463
ポリマ－1,5222
非ポリマー3231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area800 Å2
ΔGint-2.7 kcal/mol
Surface area1630 Å2
手法PISA
5
E: VANCOMYCIN
K: DI-ACETYL-LYS-D-ALA-D-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,8463
ポリマ－1,5222
非ポリマー3231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area970 Å2
ΔGint-3.2 kcal/mol
Surface area1430 Å2
手法PISA
6
F: VANCOMYCIN
L: DI-ACETYL-LYS-D-ALA-D-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,8463
ポリマ－1,5222
非ポリマー3231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area820 Å2
ΔGint-2.7 kcal/mol
Surface area1640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.637, 36.425, 65.728
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
VANCOMYCIN


タイプ: Glycopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1149.977 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SEQUENCE OCCURS IN NOCARDIA ORIENTALIS / 由来: (合成) AMYCOLATOPSIS ORIENTALIS (バクテリア) / 参照: NOR: NOR00681, Vancomycin
#2: タンパク質・ペプチド
DI-ACETYL-LYS-D-ALA-D-ALA


分子量: 372.417 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
#3: 多糖
vancosamine-(1-2)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Glycopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 323.340 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: VANCOMYCIN IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE, GLYCOSYLATED BY A DISACCHARIDE (RESIDUES 8 AND 9) ON RESIDUE 4.
参照: Vancomycin
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][ad621m-1a_1-5_3*C_3*N]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(2+1)][a-L-2-deoxy-Fucp3N]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細VANCOMYCIN IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS A HEPTAPEPTIDE WITH THE CONFIGURATION D-D-L- ...VANCOMYCIN IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS A HEPTAPEPTIDE WITH THE CONFIGURATION D-D-L-D-D-L-L. IT IS FURTHER GLYCOSYLATED BY A DISACCHARIDE MADE OF D-GLUCOSE AND VANCOSAMINE. HERE, VANCOMYCIN IS REPRESENTED BY GROUPING TOUGHER THE SEQUENCE (SEQRES) AND THE TWO LIGANDS (HET) BGC AND RER.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.1 %
結晶化pH: 8.5
詳細: CRYSTALS WERE PREPARED AT 293K FROM A SOLUTION CONTAINING 6.6 MM VANCOMYCIN, 6.6 MM DI- ACETYL-LYS -D-ALA-D-ALA, 3.3 % (V/V) ETHANOL, AND 0.66 M TRIS BUFFER PH 8.5, BY EQUILIBRATING THE ...詳細: CRYSTALS WERE PREPARED AT 293K FROM A SOLUTION CONTAINING 6.6 MM VANCOMYCIN, 6.6 MM DI- ACETYL-LYS -D-ALA-D-ALA, 3.3 % (V/V) ETHANOL, AND 0.66 M TRIS BUFFER PH 8.5, BY EQUILIBRATING THE SOLUTION AGAINST A RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 10 % (V/V) ETHANOL AND 0.2 M TRIS BUFFER PH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUAMTUM 4R / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月24日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: FOCUSSING SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→25.5 Å / Num. obs: 8400 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 6.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Mean I/σ(I) obs: 8.5 / Rsym value: 0.066 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AA5

1aa5


解像度: 1.8→5 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 4 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.144 --
obs0.144 7864 99 %
原子変位パラメータBiso mean: 8.5 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.13 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数636 0 126 112 874
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.05
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.34
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.352
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it1.972.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.148 382 -
obs--95.7 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARAM19X.SOL / Topol file: TOPH19.SOL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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