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- PDB-1fva: CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fva
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE
要素PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Protein repair / L-methionine-(S)-S-oxide reductase activity / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase activity / cellular response to oxidative stress / mitochondrion / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptide Methionine Sulfoxide Reductase; Chain A / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA / : / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA domain / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA superfamily / Peptide methionine sulfoxide reductase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial peptide methionine sulfoxide reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Lowther, W.T. / Brot, N. / Weissbach, H. / Matthews, B.W.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Structure and mechanism of peptide methionine sulfoxide reductase, an "anti-oxidation" enzyme.
著者: Lowther, W.T. / Brot, N. / Weissbach, H. / Matthews, B.W.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Thiol-disulfide Exchange is Involved in the Catalytic Mechanism of Peptide Methionine Sulfoxide Reductase
著者: Lowther, W.T. / Brot, N. / Weissbach, H. / Honek, J.F. / Matthews, B.W.
履歴
登録2000年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE
B: PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0662
ポリマ－48,0662
非ポリマー00
水3,171176
1
A: PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0331
ポリマ－24,0331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0331
ポリマ－24,0331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.710, 66.199, 62.137
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE


分子量: 24032.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / プラスミド: PET28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P54149, EC: 1.8.4.6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.44 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: NaCl, DTT, 1,4 butanediol, PEG 8000, citrate, Na2HPO4, pH 4.7-7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
112 mg/mlprotein1drop
230 mMdithiothreitol1drop
316 mMHEPES1drop
416 mM1dropNaCl
50.08 mMEDTA1drop
65 %1,4-butanediol1drop
7100 mMcitrate1reservoircan be replaced by sodium phosphate
821-25 %PEG80001reservoir
9100 mM1reservoirNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→45.2 Å / Num. all: 158892 / Num. obs: 46997 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 3.5 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 21.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 35.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.225 / % possible all: 84
反射
*PLUS
Num. measured all: 158892
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
TNT5E精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1fvg

1fvg


解像度: 1.7→45.2 Å / σ(I): 3.5 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.28 4639 random 10%
Rwork0.207 --
all-46997 -
obs-46980 -
溶媒の処理Bsol: 194.6 Å2 / ksol: 1.003 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→45.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3138 0 0 176 3314
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01132320.8
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.1843591.3
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d18.1918630
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.007782
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0114795
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0174810
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.207 / Rfactor Rfree: 0.28
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg018.19
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d20.007
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr50.011

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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