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- PDB-1fv0: FIRST STRUCTURAL EVIDENCE OF THE INHIBITION OF PHOSPHOLIPASE A2 B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fv0
タイトルFIRST STRUCTURAL EVIDENCE OF THE INHIBITION OF PHOSPHOLIPASE A2 BY ARISTOLOCHIC ACID: CRYSTAL STRUCTURE OF A COMPLEX FORMED BETWEEN PHOSPHOLIPASE A2 AND ARISTOLOCHIC ACID
要素PHOSPHOLIPASE A2
キーワードTOXIN / phospholipase A2 / Daboia russelli pulchella / neurotoxic / edema
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase A2 / calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid metabolic process / phospholipid binding / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
9-HYDROXY ARISTOLOCHIC ACID / ACETATE ION / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / Basic phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa
類似検索 - 構成要素
生物種Daboia russellii pulchella (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Chandra, V. / Jasti, J. / Kaur, P. / Srinivasan, A. / Betzel, C. / Singh, T.P.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Structural Basis of Phospholipase A2 Inhibition for the Synthesis of Prostaglandins by the Plant Alkaloid Aristolochic Acid from a 1.7 A Crystal Structure
著者: Chandra, V. / Jasti, J. / Kaur, P. / Srinivasan, A. / Betzel, C. / Singh, T.P.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: First structural evidence of antiinflammatory action of vitamin E (2,5,7,8-tetramethyl-2-(4',8',12'-trimethyltridecyl)-6-chromanol) through its binding to phospholipase A2 specifically: ...タイトル: First structural evidence of antiinflammatory action of vitamin E (2,5,7,8-tetramethyl-2-(4',8',12'-trimethyltridecyl)-6-chromanol) through its binding to phospholipase A2 specifically: Crystal structure of a complex formed between phospholipase A2 and vitamin E at 1.80 resolution
著者: Chandra, V. / Jasti, J. / Kaur, P. / Perbandt, M. / Betzel, C.H. / Singh, T.P.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Three-dimensional structure of a presynaptic neurotoxic phospholipase A2 from Daboia russelli pulchella at 2.4 resolution
著者: Chandra, V. / Kaur, P. / Srinivasan, A. / Singh, T.P.
履歴
登録2000年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.62023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.72024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOLIPASE A2
B: PHOSPHOLIPASE A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,42012
ポリマ－27,2602
非ポリマー1,16110
水5,675315
1
A: PHOSPHOLIPASE A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3306
ポリマ－13,6301
非ポリマー7015
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: PHOSPHOLIPASE A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0906
ポリマ－13,6301
非ポリマー4605
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
A: PHOSPHOLIPASE A2
ヘテロ分子

A: PHOSPHOLIPASE A2
ヘテロ分子

B: PHOSPHOLIPASE A2
ヘテロ分子

B: PHOSPHOLIPASE A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,84124
ポリマ－54,5194
非ポリマー2,32220
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+3/21
crystal symmetry operation6_555-x+1/2,-y+1/2,z+1/21
crystal symmetry operation8_456x-1/2,-y+1/2,-z+11
Buried area8530 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area24330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.050, 89.480, 76.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-852-

HOH

21B-788-

HOH

31B-798-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 PHOSPHOLIPASE A2


分子量: 13629.767 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Daboia russellii pulchella (ヘビ) / Secretion: VENOM / 生物種: Daboia russellii / 株: pulchella / 参照: UniProt: P59071

-
非ポリマー , 6種, 325分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-9AR / 9-HYDROXY ARISTOLOCHIC ACID / 9-HYDROXY-8-METHOXY-6-NITRO-PHENANTHROL[3,4-D][1,3]DIOXOLE-5-CARBOXYLIC ACID


分子量: 357.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H11NO8
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20mM Sodium cacodylate, 1.4M Ammonium sulfate, 4mM Calcium chloride, 3% dioxane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mMsodium cacodylate1droppH7.0
215 mg/mlprotein1drop
31.2 Mammonium sulfate1reservoir
41 mM1reservoirCaCl2
53 %dioxane1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 180 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 29231 / Num. obs: 29231 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 25.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Rsym value: 0.182 / % possible all: 97.9
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. obs: 28922 / % possible obs: 99.1 % / Num. measured all: 419758
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.9 % / Rmerge(I) obs: 0.034

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CL5

1cl5


解像度: 1.7→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1442367.33 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used weighted full matrix least squares procedure.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 1413 4.9 %RANDOM
Rwork0.184 ---
all0.212 28818 --
obs0.212 28818 98.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.8357 Å2 / ksol: 0.424778 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.15 Å20 Å20 Å2
2--0.56 Å20 Å2
3---0.6 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.12 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1888 0 74 315 2277
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.82
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.651.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.152
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.122
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.642.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 260 5.5 %
Rwork0.243 4443 -
obs--98.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ARN.PARAMARN.TOP
X-RAY DIFFRACTION5PAR.PARAMTOP.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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