+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fu0 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE PHOSPHO-SERINE 46 HPR FROM ENTEROCOCCUS FAECALIS | ||||||
要素 | PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Phospho-Serine HPr / PTS System | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Enterococcus faecalis (乳酸球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Audette, G.F. / Engelmann, R. / Hengstenberg, W. / Deutscher, J. / Hayakawa, K. / Quail, J.W. / Delbaere, L.T.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: The 1.9 A resolution structure of phospho-serine 46 HPr from Enterococcus faecalis. 著者: Audette, G.F. / Engelmann, R. / Hengstenberg, W. / Deutscher, J. / Hayakawa, K. / Quail, J.W. / Delbaere, L.T. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fu0.cif.gz | 41.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1fu0.ent.gz | 31.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fu0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1fu0_validation.pdf.gz | 421.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1fu0_full_validation.pdf.gz | 422.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1fu0_validation.xml.gz | 9.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1fu0_validation.cif.gz | 12.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/1fu0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/1fu0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
2 |
| ||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.99872, 0.02055, 0.04623), ベクター: 詳細 | The biological assembly is a monomer | |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9281.466 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 株: 26487 / 参照: UniProt: P07515 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.74 % | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 2.8M sodium-potassium phosphate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287.0K | ||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 31.3 % | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: used seeding | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 290 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1998年12月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 10043 / Num. obs: 10043 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 4.23 % / Biso Wilson estimate: 14.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Num. unique all: 447 / % possible all: 84.3 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 42471 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 84.3 % / Num. unique obs: 447 / Num. measured obs: 1668 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 1.9→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Simulated Annealing
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→40 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 40 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|