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- PDB-1fu0: CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE PHOSPHO-SERINE 46 HPR FROM ENTE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fu0
タイトルCRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE PHOSPHO-SERINE 46 HPR FROM ENTEROCOCCUS FAECALIS
要素PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR
キーワードSIGNALING PROTEIN / Phospho-Serine HPr / PTS System
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphotransferase system, HPr histidine phosphorylation site / PTS HPR domain histidine phosphorylation site signature. / Phosphotransferase system, HPr serine phosphorylation site / HPr-like / Phosphocarrier protein HPr-like / HPr-like superfamily / : / PTS HPr component phosphorylation site / PTS HPR domain profile. / Histidine-containing Protein; Chain: A; ...Phosphotransferase system, HPr histidine phosphorylation site / PTS HPR domain histidine phosphorylation site signature. / Phosphotransferase system, HPr serine phosphorylation site / HPr-like / Phosphocarrier protein HPr-like / HPr-like superfamily / : / PTS HPr component phosphorylation site / PTS HPR domain profile. / Histidine-containing Protein; Chain: A; / PTS HPR domain serine phosphorylation site signature. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphocarrier protein HPr
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Audette, G.F. / Engelmann, R. / Hengstenberg, W. / Deutscher, J. / Hayakawa, K. / Quail, J.W. / Delbaere, L.T.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: The 1.9 A resolution structure of phospho-serine 46 HPr from Enterococcus faecalis.
著者: Audette, G.F. / Engelmann, R. / Hengstenberg, W. / Deutscher, J. / Hayakawa, K. / Quail, J.W. / Delbaere, L.T.
履歴
登録2000年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR
B: PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5632
ポリマ－18,5632
非ポリマー00
水1,63991
1
A: PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2811
ポリマ－9,2811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2811
ポリマ－9,2811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)25.520, 43.200, 60.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.67, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99872, 0.02055, 0.04623), (0.01595, 0.99509, -0.09769), (-0.04801, -0.09682, -0.99414)
ベクター: 11.087, -23.54104, 32.35572)
詳細The biological assembly is a monomer

-
要素

#1: タンパク質 PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR / HISTIDINE-CONTAINING PROTEIN / HISTIDINE-CONTAINING PHOSPHOCARRIER PROTEIN / HPR


分子量: 9281.466 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 株: 26487 / 参照: UniProt: P07515
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.74 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 2.8M sodium-potassium phosphate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287.0K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 31.3 %
結晶化
*PLUS
詳細: used seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein1drop
21.4 Msodium potassium phosphate1drop
32.8 Msodium potassium phosphate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 1
検出器タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1998年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 10043 / Num. obs: 10043 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 4.23 % / Biso Wilson estimate: 14.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Num. unique all: 447 / % possible all: 84.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 42471
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84.3 % / Num. unique obs: 447 / Num. measured obs: 1668

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.9→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Simulated Annealing
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 496 5 %RANDOM
Rwork0.178 ---
all0.178 10043 --
obs0.178 10043 100 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1292 0 0 91 1383
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.59
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.93
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.15
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 40 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.93
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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