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- PDB-1ftt: THYROID TRANSCRIPTION FACTOR 1 HOMEODOMAIN (RATTUS NORVEGICUS) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ftt
タイトルTHYROID TRANSCRIPTION FACTOR 1 HOMEODOMAIN (RATTUS NORVEGICUS)
要素THYROID TRANSCRIPTION FACTOR 1 HOMEODOMAIN
キーワードDNA BINDING PROTEIN / HOMEODOMAIN / TRANSCRIPTION FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


forebrain neuron fate commitment / cerebral cortex GABAergic interneuron differentiation / developmental induction / embryonic lung development / club cell differentiation / forebrain dorsal/ventral pattern formation / development of primary female sexual characteristics / lung saccule development / GABAergic neuron differentiation / globus pallidus development ...forebrain neuron fate commitment / cerebral cortex GABAergic interneuron differentiation / developmental induction / embryonic lung development / club cell differentiation / forebrain dorsal/ventral pattern formation / development of primary female sexual characteristics / lung saccule development / GABAergic neuron differentiation / globus pallidus development / regulation of blood volume by renin-angiotensin / forebrain neuron differentiation / anatomical structure formation involved in morphogenesis / telencephalon cell migration / type II pneumocyte differentiation / cerebral cortex neuron differentiation / pituitary gland development / interneuron migration / telencephalon development / neuron fate commitment / Leydig cell differentiation / pattern specification process / endoderm development / positive regulation of circadian rhythm / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / cellular response to leptin stimulus / feeding behavior / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / hypothalamus development / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / forebrain development / cerebral cortex cell migration / thyroid gland development / oligodendrocyte differentiation / core promoter sequence-specific DNA binding / response to hormone / phospholipid metabolic process / lung development / axon guidance / TBP-class protein binding / negative regulation of cell migration / animal organ morphogenesis / transcription coregulator binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / hippocampus development / locomotory behavior / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / circadian rhythm / brain development / neuron migration / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / response to ethanol / response to lipopolysaccharide / transcription regulator complex / gene expression / sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily ...: / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Homeobox protein Nkx-2.1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR
データ登録者Fogolari, F. / Esposito, G. / Damante, G. / Formisano, S. / Di Lauro, R. / Viglino, P.
引用
ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1996
タイトル: Analysis of the solution structure of the homeodomain of rat thyroid transcription factor 1 by 1H-NMR spectroscopy and restrained molecular mechanics.
著者: Esposito, G. / Fogolari, F. / Damante, G. / Formisano, S. / Tell, G. / Leonardi, A. / Di Lauro, R. / Viglino, P.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1993
タイトル: Structural Study of Rat Thyroid Transcription Factor 1 Homeodomain (Ttf-1 Hd) by Nuclear Magnetic Resonance
著者: Viglino, P. / Fogolari, F. / Formisano, S. / Bortolotti, N. / Damante, G. / Di Lauro, R. / Esposito, G.
履歴
登録1995年10月3日処理サイト: BNL
改定 1.01996年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THYROID TRANSCRIPTION FACTOR 1 HOMEODOMAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4641
ポリマ－8,4641
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Atom site foot note1: LYS 61 - ASP 62 MODEL 5 OMEGA = 211.85 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 THYROID TRANSCRIPTION FACTOR 1 HOMEODOMAIN / TTF-1 HD


分子量: 8463.915 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: PH = 4.0 - 4.1, T = 287 - 289 K, NAN3 (W/V) = 0.2 - 0.5%
由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: RAT TTF-1 / プラスミド: PT7.7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): RAT TTF-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P23441

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other

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解析

ソフトウェア名称: AMBER / 分類: 精密化
NMR software名称: Discover / 開発者: BIOSYM TECHNOLOGIES / 分類: 精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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