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万見
- PDB-1ft8: CRYSTAL STRUCTURE OF THE RNA-BINDING DOMAIN OF THE MRNA EXPORT FA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ft8
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE RNA-BINDING DOMAIN OF THE MRNA EXPORT FACTOR TAP
要素TIP ASSOCIATING PROTEIN
キーワードRNA BINDING PROTEIN / ribonucleoprotein (RNP / RRM / RBD) and leucine-rich-repeat (LRR) domains
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear RNA export factor complex / nuclear inclusion body / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / poly(A)+ mRNA export from nucleus / mRNA export from nucleus / nuclear pore / cytoplasmic stress granule ...nuclear RNA export factor complex / nuclear inclusion body / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / poly(A)+ mRNA export from nucleus / mRNA export from nucleus / nuclear pore / cytoplasmic stress granule / protein transport / nuclear speck / mRNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear RNA export factor Tap, RNA-binding domain / Tap, RNA-binding / TAP C-terminal (TAP-C) domain / TAP C-terminal domain / TAP C-terminal (TAP-C) domain profile. / C-terminal domain of vertebrate Tap protein / Nuclear RNA export factor / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 domain ...Nuclear RNA export factor Tap, RNA-binding domain / Tap, RNA-binding / TAP C-terminal (TAP-C) domain / TAP C-terminal domain / TAP C-terminal (TAP-C) domain profile. / C-terminal domain of vertebrate Tap protein / Nuclear RNA export factor / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 domain / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / UBA-like superfamily / RRM (RNA recognition motif) domain / NTF2-like domain superfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear RNA export factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Liker, E. / Fernandez, E. / Izaurralde, E. / Conti, E.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2000
タイトル: The structure of the mRNA export factor TAP reveals a cis arrangement of a non-canonical RNP domain and an LRR domain.
著者: Liker, E. / Fernandez, E. / Izaurralde, E. / Conti, E.
履歴
登録2000年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TIP ASSOCIATING PROTEIN
B: TIP ASSOCIATING PROTEIN
C: TIP ASSOCIATING PROTEIN
D: TIP ASSOCIATING PROTEIN
E: TIP ASSOCIATING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,0115
ポリマ－154,0115
非ポリマー00
水00
1
A: TIP ASSOCIATING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8021
ポリマ－30,8021
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TIP ASSOCIATING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8021
ポリマ－30,8021
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: TIP ASSOCIATING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8021
ポリマ－30,8021
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: TIP ASSOCIATING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8021
ポリマ－30,8021
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: TIP ASSOCIATING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8021
ポリマ－30,8021
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)139.918, 139.918, 206.703
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
TIP ASSOCIATING PROTEIN / TAP


分子量: 30802.217 Da / 分子数: 5 / 断片: RESIDUES 42-312 / 変異: C119W,A226V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PGEX-CS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UBU9

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: PEG 8000, EDTA, cacodylate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 70 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
詳細: drop consists of equal amounts of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
2100 mMcacodylate1reservoir
318 %(w/v)PEG80001reservoir
420 mMEDTA1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→30 Å / Num. all: 227961 / Num. obs: 35832 / % possible obs: 0.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 3.15→3.25 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
% possible obs: 99.6 % / Num. measured all: 227961
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 % / Mean I/σ(I) obs: 7

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHARP位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 3.15→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.303 1434 random
Rwork0.303 --
all0.303 35989 -
obs0.303 35832 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6913 0 0 0 6913
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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