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- PDB-1fsk: COMPLEX FORMATION BETWEEN A FAB FRAGMENT OF A MONOCLONAL IGG ANTI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fsk
タイトルCOMPLEX FORMATION BETWEEN A FAB FRAGMENT OF A MONOCLONAL IGG ANTIBODY AND THE MAJOR ALLERGEN FROM BIRCH POLLEN BET V 1
要素
  • ANTIBODY HEAVY CHAIN FAB
  • IMMUNOGLOBULIN KAPPA LIGHT CHAIN
  • MAJOR POLLEN ALLERGEN BET V 1-A
キーワードIMMUNE SYSTEM / Bet v 1 / Bv16 Fab fragment / antibody allergen complex
機能・相同性
機能・相同性情報


abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / B cell differentiation / defense response / signaling receptor activity / extracellular region / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pathogenesis-related protein Bet v I family / Pathogenesis-related proteins Bet v I family signature. / Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / : ...Pathogenesis-related protein Bet v I family / Pathogenesis-related proteins Bet v I family signature. / Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa constant / Major pollen allergen Bet v 1-A
類似検索 - 構成要素
生物種Betula pendula (シダレカンバ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Mirza, O. / Henriksen, A. / Ipsen, H. / Larsen, J. / Wissenbach, M. / Spangfort, M. / Gajhede, M.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2000
タイトル: Dominant epitopes and allergic cross-reactivity: complex formation between a Fab fragment of a monoclonal murine IgG antibody and the major allergen from birch pollen Bet v 1.
著者: Mirza, O. / Henriksen, A. / Ipsen, H. / Larsen, J.N. / Wissenbach, M. / Spangfort, M.D. / Gajhede, M.
履歴
登録2000年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAJOR POLLEN ALLERGEN BET V 1-A
B: IMMUNOGLOBULIN KAPPA LIGHT CHAIN
C: ANTIBODY HEAVY CHAIN FAB
D: MAJOR POLLEN ALLERGEN BET V 1-A
E: IMMUNOGLOBULIN KAPPA LIGHT CHAIN
F: ANTIBODY HEAVY CHAIN FAB
G: MAJOR POLLEN ALLERGEN BET V 1-A
H: IMMUNOGLOBULIN KAPPA LIGHT CHAIN
I: ANTIBODY HEAVY CHAIN FAB
J: MAJOR POLLEN ALLERGEN BET V 1-A
K: IMMUNOGLOBULIN KAPPA LIGHT CHAIN
L: ANTIBODY HEAVY CHAIN FAB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)259,97712
ポリマ－259,97712
非ポリマー00
水00
1
A: MAJOR POLLEN ALLERGEN BET V 1-A
B: IMMUNOGLOBULIN KAPPA LIGHT CHAIN
C: ANTIBODY HEAVY CHAIN FAB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9943
ポリマ－64,9943
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: MAJOR POLLEN ALLERGEN BET V 1-A
E: IMMUNOGLOBULIN KAPPA LIGHT CHAIN
F: ANTIBODY HEAVY CHAIN FAB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9943
ポリマ－64,9943
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: MAJOR POLLEN ALLERGEN BET V 1-A
H: IMMUNOGLOBULIN KAPPA LIGHT CHAIN
I: ANTIBODY HEAVY CHAIN FAB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9943
ポリマ－64,9943
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
J: MAJOR POLLEN ALLERGEN BET V 1-A
K: IMMUNOGLOBULIN KAPPA LIGHT CHAIN
L: ANTIBODY HEAVY CHAIN FAB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9943
ポリマ－64,9943
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.653, 99.145, 108.905
Angle α, β, γ (deg.)105.70, 98.32, 97.62
Int Tables number1
Cell settingtriclinic
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
MAJOR POLLEN ALLERGEN BET V 1-A / BET V I-A / BETVI ALLERGEN


分子量: 17427.576 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Betula pendula (シダレカンバ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15494
#2: 抗体
IMMUNOGLOBULIN KAPPA LIGHT CHAIN / BV16 FAB-FRAGMENT / KAPPA MOPC21 CODING SEQUENCE


分子量: 23730.113 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: BALB/C MICE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01837
#3: 抗体
ANTIBODY HEAVY CHAIN FAB / HEAVY CHAIN OF THE MONOCLONAL ANTIBODY MST2


分子量: 23836.660 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: BALB/C MICE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.49 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 12% peg 6000, 0.1M sodium citrate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17 mg/mlprotein1drop
212 %PEG60001drop
30.1 Msodium citrate1drop
40.01 %sodium azide1drop
512 %PEG60001reservoir
60.01 %sodium azide1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.95
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / % possible obs: 95.5 % / Biso Wilson estimate: 49.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 19.85
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.37 / Num. unique all: 6763 / % possible all: 83.8
反射
*PLUS
Num. obs: 80241 / Num. measured all: 181008
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.8 % / Num. unique obs: 6763 / Num. measured obs: 11123

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.5精密化
精密化解像度: 2.9→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 551538.89 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 3726 5.1 %RANDOM
Rwork0.253 ---
obs0.253 73464 92.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.46 Å2 / ksol: 0.314 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 63.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.2 Å25.26 Å21.18 Å2
2---4.64 Å2-8.71 Å2
3----6.56 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.54 Å0.46 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a0.66 Å0.58 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18308 0 0 0 18308
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.94
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.751.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.662
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.772
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.82.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.419 519 4.9 %
Rwork0.39 10014 -
obs--79.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PAPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CIS_PEPT
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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