PDB-1fsi: CRYSTAL STRUCTURE OF CYCLIC NUCLEOTIDE PHOSPHODIESTERASE OF APPR>...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1fsi

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF CYCLIC NUCLEOTIDE PHOSPHODIESTERASE OF APPR>P FROM ARABIDOPSIS THALIANA

要素

CYCLIC PHOSPHODIESTERASE

キーワード

HYDROLASE / ADP-ribose 1'' / 2''-cyclic phosphate / Appr>p / 2' / 3'-cyclic nucleotide phosphodiesterase

機能・相同性

機能・相同性情報

cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / SIR/MAD / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Hofmann, A. / Zdanov, A. / Genschik, P. / Filipowicz, W. / Ruvinov, S. / Wlodawer, A.

引用

ジャーナル: EMBO J. / 年: 2000
タイトル: Structure and mechanism of activity of the cyclic phosphodiesterase of Appr>p, a product of the tRNA splicing reaction.
著者: Hofmann, A. / Zdanov, A. / Genschik, P. / Ruvinov, S. / Filipowicz, W. / Wlodawer, A.

履歴

登録	2000年9月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1fsi.cif.gz	116.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1fsi.ent.gz	97.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1fsi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1fsi_validation.pdf.gz	465.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1fsi_full_validation.pdf.gz	479.7 KB	表示
XML形式データ	1fsi_validation.xml.gz	24.7 KB	表示
CIF形式データ	1fsi_validation.cif.gz	34.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/1fsi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/1fsi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3byi-4 4htu-2 5mkc-1 4al6-d 4tss-d 1fbn-d 4al7-d 1dy6-2 1g8s-d 4rzc-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CYCLIC PHOSPHODIESTERASE

B: CYCLIC PHOSPHODIESTERASE

C: CYCLIC PHOSPHODIESTERASE

ヘテロ分子

65.4 kDa, 3 ポリマー
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1

A: CYCLIC PHOSPHODIESTERASE

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: CYCLIC PHOSPHODIESTERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: CYCLIC PHOSPHODIESTERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
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4

A: CYCLIC PHOSPHODIESTERASE

B: CYCLIC PHOSPHODIESTERASE

C: CYCLIC PHOSPHODIESTERASE

ヘテロ分子

A: CYCLIC PHOSPHODIESTERASE

B: CYCLIC PHOSPHODIESTERASE

C: CYCLIC PHOSPHODIESTERASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
131 kDa, 6 ポリマー
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5

C: CYCLIC PHOSPHODIESTERASE

ヘテロ分子

C: CYCLIC PHOSPHODIESTERASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
43.6 kDa, 2 ポリマー
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6

B: CYCLIC PHOSPHODIESTERASE

ヘテロ分子

A: CYCLIC PHOSPHODIESTERASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
43.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	125.916, 125.916, 209.897
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	2

/ NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

most likely monomeric

#1: タンパク質	CYCLIC PHOSPHODIESTERASE 分子量: 21510.268 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) プラスミド: PET11D / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O04147
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 67 %

結晶化

温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.9 M (NH4)2SO4, 0.1 M NaAc, 10% EtOH, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

結晶化

*PLUS

pH: 8

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	15 mg/ml	protein	1	drop
2	100 mM		1	drop	NaCl
3	20 mM	Tris-HCl	1	drop
4	1.0 M	ammonium sulfate	1	reservoir
5	0.1 M		1	reservoir	NaOAc

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3	100	1
4	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長
シンクロトロン	NSLS	X9B	1	1.0094
シンクロトロン	NSLS	X9B	2	1.006
シンクロトロン	NSLS	X9B	3	0.9537
シンクロトロン	NSLS	X9B	4

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 4	1	CCD	2000年2月4日
ADSC QUANTUM 4	2	CCD	2000年2月4日
ADSC QUANTUM 4	3	CCD	2000年2月4日
ADSC QUANTUM 4	4	CCD	2000年2月4日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2
3	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	3
4	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	4

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.0094	1
2	1.006	1
3	0.9537	1
4		1

反射

解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 34305 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 18 % / B_iso Wilson estimate: 21.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.081

反射シェル

解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.144 / % possible all: 97.8

反射

*PLUS

Num. measured all: 1085650

反射シェル

*PLUS

% possible obs: 97.8 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASES		位相決定
CNS	1	精密化

精密化

構造決定の手法: SIR/MAD / 解像度: 2.5→19.91 Å / R_factor R_free error: 0.005 / Data cutoff high absF: 58916.35 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.265	2782	9.8 %	RANDOM
R_work	0.196	-	-	-
obs	0.196	28263	81.5 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 36.86 Å² / k_sol: 0.323 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	13.06 Å²	13.28 Å²	0 Å²
2-	-	13.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	-26.11 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.41 Å	0.29 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.49 Å	0.36 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4139	0	45	229	4413

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.018
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	2.1
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	25.1
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	1.2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	3.11	3.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	4.61	4
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	5.1	4
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	6.66	4.5

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	NCS model details	Refine-ID	Rms dev position (Å)
1	1	CONSTR	X-RAY DIFFRACTION	0.2459
2	2		X-RAY DIFFRACTION	0.1738

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.66 Å / R_factor R_free error: 0.02 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.362	327	9.6 %
R_work	0.288	3092	-
obs	-	-	60.4 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	DNA-RNA_REP.PARAM	DNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION	3	WATER_REP.PARAM	WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION	4	ION.PARAM	ION.TOP

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

σ(F): 2 / % reflection R_free: 9.8 %

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

B_iso mean: 47 Å²

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	2.1
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	25.1
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	1.2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it		3.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it		4
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it		4
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it		4.5

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.362 / % reflection R_free: 9.6 % / R_factor R_work: 0.288 / R_factor obs: 0.288

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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