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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fsf | ||||||
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タイトル | GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE FROM E.COLI, T CONFORMER, AT 1.9A RESOLUTION | ||||||
![]() | GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE | ||||||
![]() | ISOMERASE / ALLOSTERIC ENZYME / ENTROPIC EFFECTS / ALDOSE-KETOSE ISOMERASE / ANISOTROPIC REFINEMENT | ||||||
機能・相同性 | ![]() glucosamine catabolic process / glucosamine-6-phosphate deaminase / glucosamine-6-phosphate deaminase activity / N-acetylglucosamine catabolic process / N-acetylneuraminate catabolic process / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process / carbohydrate metabolic process / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rudino-Pinera, E. / Morales-Arrieta, S. / Rojas-Trejo, S.P. / Horjales, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural flexibility, an essential component of the allosteric activation in Escherichia coli glucosamine-6-phosphate deaminase. 著者: Rudino-Pinera, E. / Morales-Arrieta, S. / Rojas-Trejo, S.P. / Horjales, E. #1: ![]() タイトル: Structure and catalytic mechanism of glucosamine-6-phosphate deaminase from Escherichia coli at 2.1A resolution 著者: Oliva, G. / Fontes, M.R.M. / Garratt, R.C. / Altamirano, M.M. / Calcagno, M.L. / Horjales, E. #2: ![]() タイトル: The allosteric transition of glucosamine-6-phosphate deaminase: the structure of the T state at 2.3A resolution 著者: Horjales, E. / Altamirano, M.M. / Calcagno, M.L. / Garratt, R.C. / Oliva, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 125.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 97.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 362.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 369.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 6||||||||||
単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a hexamer constructed from monomers A by two-fold and then a three-fold |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29812.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.6 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: HEPES, sodium acetate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 291K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE DIP100S / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年1月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.782 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 48346 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 24.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 6.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.325 / Num. unique all: 7806 / % possible all: 90.9 |
反射 | *PLUS Num. obs: 48346 / % possible obs: 93.1 % |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 1.95 Å / % possible obs: 91.2 % / Rmerge(I) obs: 0.326 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. parameters: 21513 / Num. restraintsaints: 25995 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER 詳細: FIRST REFINED WITH A CNS ISOTROPIC REFINEMENT AND THEN BY SHELXL ANISOTROPIC REFINEMENT
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.5571 Å2 / ksol: 0.370572 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2390
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
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ソフトウェア | *PLUS 名称: 'CNS, SHELXL' / バージョン: '0.5, 97' / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.183 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.295 / % reflection Rfree: 9.8 % / Rfactor Rwork: 0.274 / Rfactor obs: 0.274 |