PDB-1fry: THE SOLUTION STRUCTURE OF SHEEP MYELOID ANTIMICROBIAL PEPTIDE, RE...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1fry

タイトル

THE SOLUTION STRUCTURE OF SHEEP MYELOID ANTIMICROBIAL PEPTIDE, RESIDUES 1-29 (SMAP29)

要素

MYELOID ANTIMICROBIAL PEPTIDE

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / random-ordered coil-loop

機能・相同性

機能・相同性情報

antibacterial innate immune response / lipopolysaccharide binding / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular space
類似検索 - 分子機能

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Tack, B.F. / Sawai, M.V. / Kearney, W.R. / Robertson, A.D. / Sherman, M.A. / Wang, W. / Hong, T. / Boo, L.M. / Wu, H. / Waring, A.J. / Lehrer, R.I.

引用

ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2002
タイトル: SMAP-29 has two LPS-binding sites and a central hinge.
著者: Tack, B.F. / Sawai, M.V. / Kearney, W.R. / Robertson, A.D. / Sherman, M.A. / Wang, W. / Hong, T. / Boo, L.M. / Wu, H. / Waring, A.J. / Lehrer, R.I.

履歴

登録	2000年9月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1fry.cif.gz	353 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1fry.ent.gz	293.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1fry.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1fry_validation.pdf.gz	338.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1fry_full_validation.pdf.gz	588.1 KB	表示
XML形式データ	1fry_validation.xml.gz	39.2 KB	表示
CIF形式データ	1fry_validation.cif.gz	57.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/1fry ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/1fry	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6mzt-d 1m2s-d 4fs6-1 6px8-d 131d-d 2lsq-d 7jy2-d 2n5k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#162 - 2013年6月ダームシジン (Dermcidin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: MYELOID ANTIMICROBIAL PEPTIDE

3.27 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	40 / 300	structures with acceptable covalent geometry, structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1,21	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	MYELOID ANTIMICROBIAL PEPTIDE / SMAP29 / SMAP-29 GENE PRODUCT 分子量: 3266.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: This sequence occurs naturally in sheep. NMR samples were synthesized using FMOC chemistry 参照: UniProt: P49928

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	DQF-COSY
1	3	1	TOCSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細	内容: 1mM smap29; 50mM phosphate buffer, pH 5.94 / 溶媒系: 60% H2O, 40% D3-trifluoroethanol
試料状態	イオン強度: ca. 50mM / pH: 5.94 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	分類
DYANA	1.5	構造決定
VNMR	4.3b	collection
VNMR	6.1b	データ解析
VNMR	6.1b	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Structure based on 217 noe contstraints and 8 HA-NH coupling constants

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry, structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 40

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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