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万見
- PDB-1fr5: PHAGE FR CAPSIDS WITH A FOUR RESIDUE DELETION IN THE COAT PROTEIN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fr5
タイトルPHAGE FR CAPSIDS WITH A FOUR RESIDUE DELETION IN THE COAT PROTEIN FG LOOP
要素BACTERIOPHAGE FR CAPSID
キーワードVIRUS / VIRAL COAT PROTEIN / CAPSID / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


T=3 icosahedral viral capsid / regulation of translation / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
MS2 Viral Coat Protein / MS2 Viral Coat Protein / Levivirus coat protein / Levivirus coat protein / Bacteriophage RNA-type, capsid / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Enterobacteria phage fr (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Axblom, C. / Tars, K. / Fridborg, K. / Bundule, M. / Orna, L. / Liljas, L.
引用
ジャーナル: Virology / 年: 1998
タイトル: Structure of phage fr capsids with a deletion in the FG loop: implications for viral assembly.
著者: Axblom, C. / Tars, K. / Fridborg, K. / Orna, L. / Bundule, M. / Liljas, L.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Crystal Structure of Bacteriophage Fr Capsids at 3.5 A Resolution
著者: Liljas, L. / Fridborg, K. / Valegard, K. / Bundule, M. / Pumpens, P.
履歴
登録1998年7月22日処理サイト: BNL
改定 1.01999年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年4月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_remark / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_ncs_oper / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z ..._atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _cell.Z_PDB / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][2] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_oper_list.id / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_ref_seq_dif.details
詳細: Coordinates and associated matrices have been transformed from the icosahedral point symmetry frame to the crystallographic frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月9日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BACTERIOPHAGE FR CAPSID
B: BACTERIOPHAGE FR CAPSID
C: BACTERIOPHAGE FR CAPSID


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0023
ポリマ－40,0023
非ポリマー00
水00
1
A: BACTERIOPHAGE FR CAPSID
B: BACTERIOPHAGE FR CAPSID
C: BACTERIOPHAGE FR CAPSID
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,400,117180
ポリマ－2,400,117180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: BACTERIOPHAGE FR CAPSID
B: BACTERIOPHAGE FR CAPSID
C: BACTERIOPHAGE FR CAPSID
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 200 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,01015
ポリマ－200,01015
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: BACTERIOPHAGE FR CAPSID
B: BACTERIOPHAGE FR CAPSID
C: BACTERIOPHAGE FR CAPSID
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 240 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,01218
ポリマ－240,01218
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: BACTERIOPHAGE FR CAPSID
B: BACTERIOPHAGE FR CAPSID
C: BACTERIOPHAGE FR CAPSID
x 10


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 400 kDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)400,01930
ポリマ－400,01930
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation9
単位格子
Length a, b, c (Å)264.100, 264.100, 654.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.30901699, -0.75576189, 0.57734953), (0.75576187, 0.56366035, 0.33333315), (-0.57734952, 0.33333315, 0.74535664)
3generate(-0.80901699, -0.46708653, 0.35682164), (0.46708652, -0.14235203, 0.87267753), (-0.35682163, 0.87267753, 0.33333504)
4generate(-0.80901699, 0.46708653, -0.35682164), (-0.46708652, -0.14235203, 0.87267753), (0.35682163, 0.87267753, 0.33333504)
5generate(0.30901699, 0.75576189, -0.57734953), (-0.75576187, 0.56366035, 0.33333315), (0.57734952, 0.33333315, 0.74535664)
6generate(-1), (0.74535469, 0.66666813), (0.66666813, -0.74535469)
7generate(-0.30901699, 0.75576189, -0.57734953), (0.17841013, 0.64234947, 0.74535694), (0.93417252, 0.12732296, -0.33333248)
8generate(0.80901699, 0.46708653, -0.35682164), (0.11026352, 0.47568353, 0.87267813), (0.57735037, -0.74535585, 0.33333345)
9generate(0.80901699, -0.46708653, 0.35682164), (-0.11026352, 0.47568353, 0.87267813), (-0.57735037, -0.74535585, 0.33333345)
10generate(-0.30901699, -0.75576189, 0.57734953), (-0.17841013, 0.64234947, 0.74535694), (-0.93417252, 0.12732296, -0.33333248)

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要素

#1: タンパク質 BACTERIOPHAGE FR CAPSID


分子量: 13333.982 Da / 分子数: 3 / 変異: DEL(70-73) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage fr (ファージ)
属: Levivirus / 生物種: Enterobacteria phage MS2 / プラスミド: PFRS5 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RR1 / 参照: UniProt: P03614

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 %satammonium sulfate1drop
250 mMMops1drop
30.02 %(w/v)1dropNaN3
430 %satammonium sulfate1reservoir
550 mMMops1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年1月21日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→20 Å / Num. obs: 52800 / % possible obs: 48 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 3.5→3.56 Å / Rmerge(I) obs: 0.387 / % possible all: 26
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 26 % / Num. unique obs: 1419

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FRS

1frs


解像度: 3.5→30 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.256 --
obs0.256 51856 47.8 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2752 0 0 0 2752
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.29
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.56 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.351 1320 -
obs--26 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1F / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.29
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.351

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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