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- PDB-1fpn: HUMAN RHINOVIRUS SEROTYPE 2 (HRV2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fpn
タイトルHUMAN RHINOVIRUS SEROTYPE 2 (HRV2)
要素(COAT PROTEIN ...) x 4
キーワードVIRUS / human rhinovirus / pocket factor / rhinovirus coat protein / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LAURIC ACID / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human rhinovirus 2 (ライノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Verdaguer, N. / Blaas, D. / Fita, I.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structure of human rhinovirus serotype 2 (HRV2).
著者: Verdaguer, N. / Blaas, D. / Fita, I.
履歴
登録2000年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: COAT PROTEIN VP1
2: COAT PROTEIN VP2
3: COAT PROTEIN VP3
4: COAT PROTEIN VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,5995
ポリマ－95,3994
非ポリマー2001
水2,864159
1
1: COAT PROTEIN VP1
2: COAT PROTEIN VP2
3: COAT PROTEIN VP3
4: COAT PROTEIN VP4
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,735,968300
ポリマ－5,723,949240
非ポリマー12,01960
水4,324240
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: COAT PROTEIN VP1
2: COAT PROTEIN VP2
3: COAT PROTEIN VP3
4: COAT PROTEIN VP4
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 478 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)477,99725
ポリマ－476,99620
非ポリマー1,0025
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: COAT PROTEIN VP1
2: COAT PROTEIN VP2
3: COAT PROTEIN VP3
4: COAT PROTEIN VP4
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 574 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)573,59730
ポリマ－572,39524
非ポリマー1,2026
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
1: COAT PROTEIN VP1
2: COAT PROTEIN VP2
3: COAT PROTEIN VP3
4: COAT PROTEIN VP4
ヘテロ分子
x 15


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 1.43 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,433,99275
ポリマ－1,430,98760
非ポリマー3,00515
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation14
単位格子
Length a, b, c (Å)308.680, 352.980, 380.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
112-5023-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.30901699, -0.80901699, -0.5), (0.80901699, 0.5, -0.30901699), (0.5, -0.30901699, 0.80901699)
3generate(-0.80901699, -0.5, -0.30901699), (0.5, -0.30901699, -0.80901699), (0.30901699, -0.80901699, 0.5)
4generate(-0.80901699, 0.5, 0.30901699), (-0.5, -0.30901699, -0.80901699), (-0.30901699, -0.80901699, 0.5)
5generate(0.30901699, 0.80901699, 0.5), (-0.80901699, 0.5, -0.30901699), (-0.5, -0.30901699, 0.80901699)
6generate(-0.5, -0.30901699, 0.80901699), (-0.30901699, -0.80901699, -0.5), (0.80901699, -0.5, 0.30901699)
7generate(1), (-1), (-1)
8generate(0.5, -0.30901699, 0.80901699), (-0.30901699, 0.80901699, 0.5), (-0.80901699, -0.5, 0.30901699)
9generate(0.30901699, -0.80901699, 0.5), (0.80901699, 0.5, 0.30901699), (-0.5, 0.30901699, 0.80901699)
10generate(-0.30901699, -0.80901699, 0.5), (0.80901699, -0.5, -0.30901699), (0.5, 0.30901699, 0.80901699)
11generate(1), (1), (1)
12generate(0.80901699, 0.5, -0.30901699), (0.5, -0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, -0.80901699, -0.5)
13generate(0.5, -0.30901699, -0.80901699), (0.30901699, -0.80901699, 0.5), (-0.80901699, -0.5, -0.30901699)
14generate(-0.5, -0.30901699, -0.80901699), (-0.30901699, -0.80901699, 0.5), (-0.80901699, 0.5, 0.30901699)
15generate(-0.80901699, 0.5, -0.30901699), (-0.5, -0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, 0.80901699, 0.5)

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要素

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COAT PROTEIN ... , 4種, 4分子 1234

#1: タンパク質 COAT PROTEIN VP1


分子量: 32924.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CELL_LINE: HELA CELLS / 由来: (天然) Human rhinovirus 2 (ライノウイルス) / 属: Rhinovirus / 生物種: Human rhinovirus A / 参照: UniProt: P04936
#2: タンパク質 COAT PROTEIN VP2


分子量: 29009.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CELL_LINE: HELA CELLS / 由来: (天然) Human rhinovirus 2 (ライノウイルス) / 属: Rhinovirus / 生物種: Human rhinovirus A / 参照: UniProt: P04936
#3: タンパク質 COAT PROTEIN VP3


分子量: 26107.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CELL_LINE: HELA CELLS / 由来: (天然) Human rhinovirus 2 (ライノウイルス) / 属: Rhinovirus / 生物種: Human rhinovirus A / 参照: UniProt: P04936
#4: タンパク質 COAT PROTEIN VP4


分子量: 7356.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CELL_LINE: HELA CELLS / 由来: (天然) Human rhinovirus 2 (ライノウイルス) / 属: Rhinovirus / 生物種: Human rhinovirus A / 参照: UniProt: P04936

-
非ポリマー , 2種, 160分子

#5: 化合物 ChemComp-DAO / LAURIC ACID / ラウリン酸


分子量: 200.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 65

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: ammonium sulphate, potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
結晶化
*PLUS
pH: 7.4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlvirus1drop
250 mMTris-HCl1drop
30.4 Mammonium sulfate1reservoir
40.1 Msodium/potassium phosphate1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12931
22931
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG X1110.96
シンクロトロンESRF ID14-220.9315
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1IMAGE PLATE1998年7月15日
MARRESEARCH2CCD1999年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.961
20.93151
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 504407 / Num. obs: 392077 / % possible obs: 58.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.3 % / Biso Wilson estimate: 34.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 1.1 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Num. unique all: 33646 / % possible all: 55.8
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 55.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.6→20 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
obs0.18 355153
all-377428
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6143 0 14 159 6316
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d1.9
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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