PDB-1fp3: CRYSTAL STRUCTURE OF N-ACYL-D-GLUCOSAMINE 2-EPIMERASE FROM PORCIN...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1fp3

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF N-ACYL-D-GLUCOSAMINE 2-EPIMERASE FROM PORCINE KIDNEY

要素

N-ACYL-D-GLUCOSAMINE 2-EPIMERASE

キーワード

ISOMERASE / ALPHA/ALPHA-BARREL / N-acyl-D-glucosamine 2-epimerase

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acylglucosamine 2-epimerase / N-acylglucosamine 2-epimerase activity / N-acetylmannosamine metabolic process / N-acetylglucosamine metabolic process / peptidase inhibitor activity / N-acetylneuraminate catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Sus scrofa (ブタ)

手法

X線回折 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Itoh, T. / Mikami, B. / Maru, I. / Ohta, Y. / Hashimoto, W. / Murata, K.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of N-acyl-D-glucosamine 2-epimerase from porcine kidney at 2.0 A resolution.
著者: Itoh, T. / Mikami, B. / Maru, I. / Ohta, Y. / Hashimoto, W. / Murata, K.

履歴

登録	2000年8月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2000年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月4日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.4	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1fp3.cif.gz	165.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1fp3.ent.gz	134.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1fp3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/1fp3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/1fp3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2gz6-d 6scz-d 4ci0-d 3zfs-d 1rj8-d 6ju8-d 5bz2-1 3ren-d 6ju6-d 5syc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: N-ACYL-D-GLUCOSAMINE 2-EPIMERASE

B: N-ACYL-D-GLUCOSAMINE 2-EPIMERASE

92.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: N-ACYL-D-GLUCOSAMINE 2-EPIMERASE

B: N-ACYL-D-GLUCOSAMINE 2-EPIMERASE

ソフトウェアが定義した集合体
92.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.138, 97.193, 100.651
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The biological assembly is a dimer related by the two-fold axis.

#1: タンパク質	N-ACYL-D-GLUCOSAMINE 2-EPIMERASE 分子量: 46465.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 組織: KIDNEY / プラスミド: PEP114 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17560, N-acylglucosamine 2-epimerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O / 参照: N-acylglucosamine 2-epimerase

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.16 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: PEG 6000, sodium citrate, ammonium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

結晶

*PLUS

溶媒含有率: 58 %

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / 詳細: Maru, I., (1996) J. Biochem., 120, 481.

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	10 mM	Tris-HCl	1	drop	pH7.2
2	5 mg/ml	protein	1	drop
3	5.5 %(w/v)	PEG6000	1	drop
4	100 mM	ammonium acetate	1	drop
5	50 mM	sodium citrate	1	drop	pH5.0
6	11 %(w/v)	PEG6000	1	reservoir
7	200 mM	ammonium acetate	1	reservoir
8	100 mM	sodium citrate	1	reservoir	pH5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年4月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→25 Å / Num. all: 49059 / Num. obs: 39143 / % possible obs: 82.1 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.5 % / B_iso Wilson estimate: 10 Å² / R_merge(I) obs: 0.056
反射シェル	解像度: 1.92→1.98 Å / 冗長度: 2.54 % / R_merge(I) obs: 0.056 / Num. unique all: 1270 / % possible all: 82.1
反射	PLUS Num. measured all*: 124509

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASES		位相決定
X-PLOR	3.851	精密化
FRAMBO		データ収集
SADIE		データスケーリング
SAINT		データスケーリング

精密化

解像度: 2→14.97 Å / R_factor R_free error: 0.004 / Data cutoff high absF: 667176.13 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.244	3926	10 %	RANDOM
R_work	0.169	-	-	-
obs	0.169	39143	74.8 %	-
all	-	124509	-	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 40.37 Å² / k_sol: 0.342 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.07 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.97 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.03 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.29 Å	0.21 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.25 Å	0.24 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→14.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6530	0	0	145	6675

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d	1.3
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d	24.5
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d	0.64
X-RAY DIFFRACTION	x_mcbond_it	1.78	1.5
X-RAY DIFFRACTION	x_mcangle_it	2.66	2
X-RAY DIFFRACTION	x_scbond_it	3.04	2
X-RAY DIFFRACTION	x_scangle_it	4.35	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2→2.12 Å / R_factor R_free error: 0.014 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	427	10 %
R_work	0.249	3839	-
obs	-	-	49.8 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM	WATER.TOP

ソフトウェア

*PLUS

名称:

X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

σ(F): 2 / % reflection R_free: 10 %

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

B_iso mean: 25.5 Å²

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	1.32
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_deg	24.5
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_deg	0.64
X-RAY DIFFRACTION	x_mcbond_it	1.78	1.5
X-RAY DIFFRACTION	x_scbond_it	3.04	2
X-RAY DIFFRACTION	x_mcangle_it	2.66	2
X-RAY DIFFRACTION	x_scangle_it	4.35	2.5

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.294 / % reflection R_free: 10 % / R_factor R_work: 0.249

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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