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- PDB-1foh: PHENOL HYDROXYLASE FROM TRICHOSPORON CUTANEUM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1foh
タイトルPHENOL HYDROXYLASE FROM TRICHOSPORON CUTANEUM
要素PHENOL HYDROXYLASE
キーワードFLAVIN / PHENOL HYDROXYLASE / MONOOXYGENASE / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


phenol-containing compound catabolic process / phenol 2-monooxygenase (NADPH) / phenol 2-monooxygenase activity / FAD binding
類似検索 - 分子機能
Phenol hydroxylase, C-terminal dimerisation domain / Phenol hydroxylase, C-terminal dimerisation domain / Phenol hydroxylase, C-terminal TRX-fold domain superfamily / Phenol hydroxylase, C-terminal dimerisation domain / : / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain ...Phenol hydroxylase, C-terminal dimerisation domain / Phenol hydroxylase, C-terminal dimerisation domain / Phenol hydroxylase, C-terminal TRX-fold domain superfamily / Phenol hydroxylase, C-terminal dimerisation domain / : / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / Glutaredoxin / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / PHENOL / Phenol hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Trichosporon cutaneum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Enroth, C. / Neujahr, H. / Schneider, G. / Lindqvist, Y.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: The crystal structure of phenol hydroxylase in complex with FAD and phenol provides evidence for a concerted conformational change in the enzyme and its cofactor during catalysis.
著者: Enroth, C. / Neujahr, H. / Schneider, G. / Lindqvist, Y.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Phenol Hydroxylase from Trichosporon Cutaneum
著者: Enroth, C. / Huang, W. / Waters, S. / Neujahr, H. / Lindqvist, Y. / Schneider, G.
履歴
登録1998年3月26日処理サイト: BNL
改定 1.01998年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHENOL HYDROXYLASE
B: PHENOL HYDROXYLASE
C: PHENOL HYDROXYLASE
D: PHENOL HYDROXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)304,30912
ポリマ－300,7914
非ポリマー3,5198
水21,4201189
1
A: PHENOL HYDROXYLASE
C: PHENOL HYDROXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,1556
ポリマ－150,3952
非ポリマー1,7594
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7270 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area47210 Å2
手法PISA
2
B: PHENOL HYDROXYLASE
D: PHENOL HYDROXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,1556
ポリマ－150,3952
非ポリマー1,7594
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7260 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area47180 Å2
手法PISA
3
A: PHENOL HYDROXYLASE
C: PHENOL HYDROXYLASE
ヘテロ分子

B: PHENOL HYDROXYLASE
D: PHENOL HYDROXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)304,30912
ポリマ－300,7914
非ポリマー3,5198
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_746-x+2,y-1/2,-z+11
Buried area15740 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area93180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.030, 150.680, 114.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.767711, -0.126133, -0.628259), (-0.131725, -0.990561, 0.037908), (-0.627111, 0.053655, -0.77708)83.14092, 125.31898, 166.83136
2given(-0.516787, 0.103477, 0.849837), (0.151036, -0.966079, 0.209476), (0.842686, 0.23661, 0.483628)26.02597, 98.03886, -28.85406
3given(-0.942812, 0.090767, 0.320728), (-0.018173, 0.946782, -0.321363), (-0.332829, -0.308814, -0.890988)106.83795, 23.09471, 179.24576

-
要素

#1: タンパク質
PHENOL HYDROXYLASE


分子量: 75197.641 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trichosporon cutaneum (菌類) / 細胞株: 293 / 遺伝子: PHYA / プラスミド: PRJ6C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-BLUE / 参照: UniProt: P15245, phenol 2-monooxygenase (NADPH)
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-IPH / PHENOL / フェノ-ル


分子量: 94.111 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.3 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlenzyme1drop
220 mMphenol1drop
3120 mMTris-HCl1reservoiror 0.21M KCl and 16% PEG4000
40.52 Mammonium acetate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.9997
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年10月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9997 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→25 Å / Num. obs: 118897 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 35.5 Å2 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.335 / % possible all: 94.1
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.095
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.1 % / Rmerge(I) obs: 0.335

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.4→12 Å / 交差検証法: R FREE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 3263 3 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs-118539 98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 41.1 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20806 0 240 1189 22235
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.010.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0310.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0310.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.022
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.217
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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