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- PDB-1fo6: CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF N-CARBAMoYL-D-AMINO-ACID AMIDOHYDROLASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fo6
タイトルCRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF N-CARBAMoYL-D-AMINO-ACID AMIDOHYDROLASE
要素N-CARBAMoYL-D-AMINO-ACID AMIDOHYDROLASE
キーワードHYDROLASE / four layer a/b fold
機能・相同性
機能・相同性情報


N-carbamoyl-D-amino-acid hydrolase / N-carbamoyl-D-amino acid hydrolase activity / beta-alanine biosynthetic process via 3-ureidopropionate / beta-ureidopropionase activity
類似検索 - 分子機能
Nitrilase/N-carbamoyl-D-aminoacid amidohydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase superfamily / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase domain profile. / Carbon-nitrogen hydrolase / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
XENON / N-carbamoyl-D-amino acid hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Wang, W.-C. / Hsu, W.-H. / Chien, F.-T. / Chen, C.-Y.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure and site-directed mutagenesis studies of N-carbamoyl-D-amino-acid amidohydrolase from Agrobacterium radiobacter reveals a homotetramer and insight into a catalytic cleft.
著者: Wang, W.C. / Hsu, W.H. / Chien, F.T. / Chen, C.Y.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Expression, crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of N-carbamyl-D-amino-acid amidohydrolase from Agrobacterium radiobacter
著者: Hsu, W.-H. / Chien, F.-T. / Hsu, C.L. / Wang, T.C. / Yuan, H.S. / Wang, W.-C.
履歴
登録2000年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02001年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-CARBAMoYL-D-AMINO-ACID AMIDOHYDROLASE
B: N-CARBAMoYL-D-AMINO-ACID AMIDOHYDROLASE
C: N-CARBAMoYL-D-AMINO-ACID AMIDOHYDROLASE
D: N-CARBAMoYL-D-AMINO-ACID AMIDOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,0996
ポリマ－136,8364
非ポリマー2632
水13,007722
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13550 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area38250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.230, 67.530, 137.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
N-CARBAMoYL-D-AMINO-ACID AMIDOHYDROLASE


分子量: 34209.062 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
プラスミド: PQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q44185, EC: 3.4.22.12
#2: 化合物 ChemComp-XE / XENON / キセノン


分子量: 131.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 722 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.05 %
結晶化温度: 296.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Lithium sulfate, HEPES , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296.5K
結晶化
*PLUS
温度: 23 ℃ / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein1drop
210 mMHEPES1drop
31 mMEDTA1drop
40.02 %(w/v)sodium azide1drop
51.15 Mlithium sulfate1reservoir
6100 mMHEPES1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11131
21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長
回転陽極RIGAKU RU30011.5418
シンクロトロンSSRL BL7-121.08
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS IV1IMAGE PLATE1998年8月12日
MARRESEARCH2IMAGE PLATE1999年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
21.081
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. all: 93420 / Num. obs: 93415 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.459 / Num. unique all: 6865 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化解像度: 1.95→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0
詳細: Refinement of Macromolecular Structures by the Maximum-Likelihood Method
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23929 4682 5 %RANDOM
all0.18668 93501 --
obs0.18668 88788 94.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9564 0 2 722 10288
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.7
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.187
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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