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- PDB-1fo0: MURINE ALLOREACTIVE SCFV TCR-PEPTIDE-MHC CLASS I MOLECULE COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fo0
タイトルMURINE ALLOREACTIVE SCFV TCR-PEPTIDE-MHC CLASS I MOLECULE COMPLEX
要素
  • (PROTEIN (BM3.3 T CELL RECEPTOR ...) x 2
  • NATURALLY PROCESSED OCTAPEPTIDE PBM1
  • PROTEIN (ALLOGENEIC H-2KB MHC CLASS I MOLECULE)
  • PROTEIN (BETA-2 MICROGLOBULIN)
キーワードIMMUNE SYSTEM / T CELL RECEPTOR / CLASS I MHC / H-2KB / TCR-PMHC COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / T cell receptor complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / inner ear development / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / T cell receptor complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / inner ear development / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response / positive regulation of phosphorylation / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide binding / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / amyloid fibril formation / learning or memory / defense response to bacterium / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / protein-containing complex binding / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BTBD10/KCTD20, BTB/POZ domain / BTBD10/KCTD20 / BTB/POZ domain / : / : / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus ...BTBD10/KCTD20, BTB/POZ domain / BTBD10/KCTD20 / BTB/POZ domain / : / : / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain / T-cell receptor beta chain V region E1 / TRADV16D / BTB/POZ domain-containing protein KCTD20
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Reiser, J.B. / Darnault, C. / Guimezanes, A. / Gregoire, C. / Mosser, T. / Schmitt-Verhulst, A.-M. / Fontecilla-Camps, J.C. / Malissen, B. / Housset, D. / Mazza, G.
引用
ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of a T cell receptor bound to an allogeneic MHC molecule.
著者: Reiser, J.B. / Darnault, C. / Guimezanes, A. / Gregoire, C. / Mosser, T. / Schmitt-Verhulst, A.-M. / Fontecilla-Camps, J.C. / Malissen, B. / Housset, D. / Mazza, G.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1997
タイトル: The Three-Dimensional Structure of a T Cell Receptor Valpha-Vbeta Heterodimer Reveals a Novel Arrangement of the Vbeta Domain
著者: Housset, D. / Mazza, G. / Gregoire, C. / Piras, C. / Malissen, B. / Fontecilla-Camps, J.C.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1995
タイトル: Crystal Structure of an H-2Kb-Ovalbumin Peptide Com Reveals the Interplay of Primary and Secondary Anchor Positions in the Major Histocompatibility Complex Binding Groove
著者: Fremont, D.H. / Stura, E.A. / Matsumura, M. / Peterson, P.A. / Wilson, I.A.
#3: ジャーナル: Science / 年: 1998
タイトル: Structural Basis of Plasticity in T Cell Receptor Recognition of a Self Peptide-Mhc Antigen
著者: Garcia, K.C. / Degano, M. / Pease, L.R. / Huang, M. / Peterson, P.A. / Teyton, L. / Wilson, I.A.
#4: ジャーナル: Nature / 年: 1996
タイトル: Structure of the Complex between Human T Cell Receptor, Viral Peptide and Hla-A2
著者: Garboczi, D.N. / Ghosh, P. / Utz, U. / Fan, Q.R. / Bidisson, W.E. / Wiley, D.
#5: ジャーナル: Immunity / 年: 1998
タイトル: Two Human T Cell Receptors Bind in a Similar Mode To the Hla-A2/Tax Peptide Complex Using Different Tcr Amino-acids
著者: Ding, Y.H. / Smith, K.J. / Garboczi, D.N. / Utz, U. / Bidisson, W.E. / Wiley, D.C.
#6: ジャーナル: Int.Immunol. / 年: 1991
タイトル: Each of Two Productive T Cell Receptor Alpha-Gene Rearrangements Found in Both the A10 and Bm3.3 Cell Clones Give Rise to an Alpha Chain which Can Contribute to the Constitution of a ...タイトル: Each of Two Productive T Cell Receptor Alpha-Gene Rearrangements Found in Both the A10 and Bm3.3 Cell Clones Give Rise to an Alpha Chain which Can Contribute to the Constitution of a Surface-Expressed Alpha-Beta Dimer
著者: Couez, D. / Malissen, M. / Buferne, M. / Schmitt-Verhulst, A.-M. / Malissen, B.
履歴
登録2000年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月1日Group: Database references / Structure summary
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: PROTEIN (ALLOGENEIC H-2KB MHC CLASS I MOLECULE)
L: PROTEIN (BETA-2 MICROGLOBULIN)
P: NATURALLY PROCESSED OCTAPEPTIDE PBM1
A: PROTEIN (BM3.3 T CELL RECEPTOR ALPHA-CHAIN)
B: PROTEIN (BM3.3 T CELL RECEPTOR BETA-CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5085
ポリマ－70,5085
非ポリマー00
水3,441191
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.580, 120.420, 102.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 HL

#1: タンパク質 PROTEIN (ALLOGENEIC H-2KB MHC CLASS I MOLECULE)


分子量: 31908.629 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAINS (ALPHA1, ALPHA2, ALPHA3) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01901
#2: タンパク質 PROTEIN (BETA-2 MICROGLOBULIN)


分子量: 11704.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887

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PROTEIN (BM3.3 T CELL RECEPTOR ... , 2種, 2分子 AB

#4: タンパク質 PROTEIN (BM3.3 T CELL RECEPTOR ALPHA-CHAIN)


分子量: 12945.639 Da / 分子数: 1 / 断片: FV FRAGMENT, VARIABLE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): MYELOMA CELLS / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 201157, UniProt: Q5R1F1*PLUS
#5: タンパク質 PROTEIN (BM3.3 T CELL RECEPTOR BETA-CHAIN)


分子量: 12965.832 Da / 分子数: 1 / 断片: FV FRAGMENT, VARIABLE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): MYELOMA CELLS / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 554307, UniProt: P04214*PLUS

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タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 192分子 P

#3: タンパク質・ペプチド NATURALLY PROCESSED OCTAPEPTIDE PBM1


分子量: 983.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SEQUENCE NATURALLY OCCURS IN MUS MUCULUS / 参照: UniProt: Q8CDD8*PLUS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % / 解説: RESOLUTION RANGE USED FOR MR 15.0-3.5 A
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: PEG 6000 10% HEPES 0.1M PH 7.0 MGAC 0.25 M NACL 0.25M, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
14 mg/mlprotein1drop
210 %PEG60001reservoir
30.1 MHEPES1reservoir
40.25 Mmagnesium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→23.1 Å / Num. obs: 33614 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 49.87 Å2 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.375 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.081
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.375

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC4精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1KB5, 1VAC

1kb5

1vac


解像度: 2.5→12 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT CORRECTION USED R V
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 3300 10 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.218 32832 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 57.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4948 0 0 191 5139
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0110.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.030.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0370.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.8662
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.463
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.8573
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.5164
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0130.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1720.2
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2040.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2520.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.27
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor19.615
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor23.220
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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