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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fmg | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF PORCINE BETA TRYPSIN WITH 0.04% POLYDOCANOL | ||||||
![]() | TRYPSIN | ||||||
![]() | HYDROLASE / SERINE PROTEASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() trypsin / digestion / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Deepthi, S. / Johnson, A. / Pattabhi, V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of porcine beta-trypsin-detergent complexes: the stabilization of proteins through hydrophilic binding of polydocanol. 著者: Deepthi, S. / Johnson, A. / Pattabhi, V. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure at 1.63 Angstroms Resolution of the Native Form of Porcine Beta Trypsin : Revealing an Acetate Ion Binding Site and Functional Water Network 著者: Johnson, A. / Gautham, N. / Pattabhi, V. #2: ![]() タイトル: The First Structure at 1.8 Angstroms Resolution of an Active Autolysate Form of Porcine Alpha Trypsin 著者: Johnson, A. / Krishnaswamy, S. / Sundaram, P.V. / Pattabhi, V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 60.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 43.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23491.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE 223 AMINO ACIDS OF TRYPSIN ARE IDENTIFIED | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.06 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 / 詳細: pH 6.70, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 293 K / pH: 6.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年3月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→23.64 Å / Num. obs: 15084 / % possible obs: 92.39 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.73 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.3677 / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / % possible all: 88.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 55748 / Rmerge(I) obs: 0.07 |
反射 シェル | *PLUS Num. unique obs: 2021 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1QQU 解像度: 1.9→8 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→8 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR,REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Rfactor all: 0.162 / Rfactor obs: 0.156 / Rfactor Rfree: 0.231 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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