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- PDB-1fm4: CRYSTAL STRUCTURE OF THE BIRCH POLLEN ALLERGEN BET V 1L -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fm4
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE BIRCH POLLEN ALLERGEN BET V 1L
要素MAJOR POLLEN ALLERGEN BET V 1-L
キーワードALLERGEN / alpha-beta: 6 anti-parallel beta strands and 3 alpha helices.
機能・相同性
機能・相同性情報


abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pathogenesis-related protein Bet v I family / Pathogenesis-related proteins Bet v I family signature. / Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major pollen allergen Bet v 1-L
類似検索 - 構成要素
生物種Betula pendula (シダレカンバ)
手法X線回折 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Markovic-Housley, Z. / Degano, M. / Lamba, D. / von Roepenack-Lahaye, E. / Clemens, S. / Susani, M. / Ferreira, F. / Scheiner, O. / Breiteneder, H.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of a Hypoallergenic Isoform of the Major Birch Pollen Allergen Bet v 1 and its Likely Biological Function as a Plant Steroid Carrier
著者: Markovic-Housley, Z. / Degano, M. / Lamba, D. / von Roepenack-Lahaye, E. / Clemens, S. / Susani, M. / Ferreira, F. / Scheiner, O. / Breiteneder, H.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1995
タイトル: Isoforms of Bet v 1, the major birch pollen allergen, analyzed by liquid chromatography, mass spectrometry, and cDNA cloning.
著者: Swoboda, I. / Jilek, A. / Ferreira, F. / Engel, E. / Hoffman-Sommergruber, K. / Scheiner, O. / Kraft, D. / Breiteneder, H. / Pittenauer, E. / Schmid, E. / Vicente, O. / Heberle-Bors, E. / ...著者: Swoboda, I. / Jilek, A. / Ferreira, F. / Engel, E. / Hoffman-Sommergruber, K. / Scheiner, O. / Kraft, D. / Breiteneder, H. / Pittenauer, E. / Schmid, E. / Vicente, O. / Heberle-Bors, E. / Ahorn, H. / Breitenbach, M.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1989
タイトル: The gene coding for the major birch pollen allergen Betv1, is highly homologous to a pea disease resistance response gene.
著者: Breiteneder, H. / Pettenburger, K. / Bito, A. / Valenta, R. / Kraft, D. / Rumpold, H. / Scheiner, O. / Breitenbach, M.
履歴
登録2000年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAJOR POLLEN ALLERGEN BET V 1-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2163
ポリマ－17,4311
非ポリマー7852
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.130, 57.230, 38.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 MAJOR POLLEN ALLERGEN BET V 1-L


分子量: 17430.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Betula pendula (シダレカンバ) / 組織: POLLEN / プラスミド: PMW 175-BET V 1L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43185
#2: 化合物 ChemComp-DXC / (3ALPHA,5BETA,12ALPHA)-3,12-DIHYDROXYCHOLAN-24-OIC ACID / DEOXYCHOLIC ACID / デオキシコ-ル酸


分子量: 392.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40O4 / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 100mM sodium acetate, 20mM ammonium sulphate, 30%Peg-MME 2000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.5 %(w/v)sodium deoxycholate1drop
2100 mMsodium acetate1reservoirpH4.6
320 mMammonium sulfate1reservoir
430 %(v/v)PEG2000 MME1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→30 Å / Num. all: 32201 / Num. obs: 9670 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 12.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.97→2.07 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.371 / Num. unique all: 607 / % possible all: 59.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 32201
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 59.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化解像度: 1.97→28.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 807800.84 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Bulk solvent correction
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 999 10.3 %RANDOM
Rwork0.197 ---
all-9658 --
obs-9658 96.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 66.13 Å2 / ksol: 0.336 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 16.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.03 Å20 Å21.44 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3---0.9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→28.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1228 0 56 96 1380
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.92
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.831.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.522
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.162
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.482.5
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 114 10.3 %
Rwork0.359 991 -
obs--64.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CHOL.PARCHOL.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / σ(I): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.24
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.33
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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