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- PDB-1flp: STRUCTURE OF THE SULFIDE-REACTIVE HEMOGLOBIN FROM THE CLAM LUCINA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1flp
タイトルSTRUCTURE OF THE SULFIDE-REACTIVE HEMOGLOBIN FROM THE CLAM LUCINA PECTINATA: CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS AT 1.5 ANGSTROMS RESOLUTION
要素HEMOGLOBIN I (AQUO MET)
キーワードOXYGEN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


hemoglobin complex / oxygen transport / oxygen binding / heme binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Erythrocruorin / Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Lucina pectinata (無脊椎動物)
手法X線回折 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Rizzi, M. / Wittenberg, J.B. / Ascenzi, P. / Fasano, M. / Coda, A. / Bolognesi, M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Structure of the sulfide-reactive hemoglobin from the clam Lucina pectinata. Crystallographic analysis at 1.5 A resolution.
著者: Rizzi, M. / Wittenberg, J.B. / Coda, A. / Fasano, M. / Ascenzi, P. / Bolognesi, M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Crystallization and Preliminary Data for the Ferric Form of Lucina Pectinata Hemoglobin I
著者: Casale, E. / Lionetti, C. / Coda, A. / Merli, A. / Ascenzi, P. / Wittenberg, J.B. / Bolognesi, M.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990
タイトル: Hemoglobins of the Lucina Pectinata(Slash)Bacteria Symbiosis. I. Molecular Properties, Kinetics and Equilibria of Reactions with Ligands
著者: Kraus, D.W. / Wittenberg, J.B.
履歴
登録1994年5月16日処理サイト: BNL
改定 1.01994年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMOGLOBIN I (AQUO MET)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3762
ポリマ－14,7591
非ポリマー6161
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.970, 38.390, 42.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: THE C-TERMINAL STRETCH 136 - 142 HAS NOT BEEN YET CONFIRMED BY CHEMICAL ANALYSIS.

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要素

#1: タンパク質 HEMOGLOBIN I (AQUO MET)


分子量: 14759.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lucina pectinata (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P41260
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE HAS NOT BEEN REPORTED. IT WAS DETERMINED BY D. WALTZ AND S. VINOGRADOV.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.1 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 4.8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
20.05 Macetate1drop
31.3 Mammonium sulfate1drop
42.6 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
Num. obs: 17354 / % possible obs: 90 % / Rmerge(I) obs: 0.061

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解析

ソフトウェア
名称分類
ARP/wARPモデル構築
X-PLORモデル構築
TNT精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.5→15 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
obs0.17 17354
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1038 0 43 131 1212
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg2.7
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 17354 / Rfactor all: 0.17
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d2.7
X-RAY DIFFRACTIONo_plane_restr0.02

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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