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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1flp | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF THE SULFIDE-REACTIVE HEMOGLOBIN FROM THE CLAM LUCINA PECTINATA: CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS AT 1.5 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
要素 | HEMOGLOBIN I (AQUO MET) | ||||||
キーワード | OXYGEN TRANSPORT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hemoglobin complex / oxygen transport / oxygen binding / heme binding / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lucina pectinata (無脊椎動物) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Rizzi, M. / Wittenberg, J.B. / Ascenzi, P. / Fasano, M. / Coda, A. / Bolognesi, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Structure of the sulfide-reactive hemoglobin from the clam Lucina pectinata. Crystallographic analysis at 1.5 A resolution. 著者: Rizzi, M. / Wittenberg, J.B. / Coda, A. / Fasano, M. / Ascenzi, P. / Bolognesi, M. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991 タイトル: Crystallization and Preliminary Data for the Ferric Form of Lucina Pectinata Hemoglobin I 著者: Casale, E. / Lionetti, C. / Coda, A. / Merli, A. / Ascenzi, P. / Wittenberg, J.B. / Bolognesi, M. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990 タイトル: Hemoglobins of the Lucina Pectinata(Slash)Bacteria Symbiosis. I. Molecular Properties, Kinetics and Equilibria of Reactions with Ligands 著者: Kraus, D.W. / Wittenberg, J.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1flp.cif.gz | 42.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1flp.ent.gz | 28.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1flp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1flp_validation.pdf.gz | 791.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1flp_full_validation.pdf.gz | 793.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1flp_validation.xml.gz | 9.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1flp_validation.cif.gz | 13 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/1flp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/1flp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: THE C-TERMINAL STRETCH 136 - 142 HAS NOT BEEN YET CONFIRMED BY CHEMICAL ANALYSIS. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14759.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lucina pectinata (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P41260 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE SEQUENCE HAS NOT BEEN REPORTED. IT WAS DETERMINED |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.1 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 4.8 / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS Num. obs: 17354 / % possible obs: 90 % / Rmerge(I) obs: 0.061 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.5→15 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→15 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Num. reflection all: 17354 / Rfactor all: 0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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