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- PDB-1fll: MOLECULAR BASIS FOR CD40 SIGNALING MEDIATED BY TRAF3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fll
タイトルMOLECULAR BASIS FOR CD40 SIGNALING MEDIATED BY TRAF3
要素
  • B-CELL SURFACE ANTIGEN CD40
  • TNF RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 3
キーワードAPOPTOSIS / TRAF3 WITH CD40 PEPTIDE / TNF SIGNALING
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to erythropoietin / regulation of interferon-beta production / varicosity / TRAF3 deficiency - HSE / B cell mediated immunity / positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / CD40 signaling pathway / Toll signaling pathway ...cellular response to erythropoietin / regulation of interferon-beta production / varicosity / TRAF3 deficiency - HSE / B cell mediated immunity / positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / CD40 signaling pathway / Toll signaling pathway / CD40 receptor complex / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / response to cobalamin / regulation of defense response to virus / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / serine/threonine protein kinase complex / thioesterase binding / tumor necrosis factor receptor binding / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of protein kinase C signaling / toll-like receptor 4 signaling pathway / toll-like receptor signaling pathway / : / type I interferon-mediated signaling pathway / defense response to protozoan / B cell activation / B cell proliferation / regulation of proteolysis / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / cellular response to interleukin-1 / positive regulation of type I interferon production / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / ubiquitin ligase complex / response to type II interferon / antigen binding / positive regulation of B cell proliferation / signaling adaptor activity / positive regulation of interleukin-12 production / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / regulation of cytokine production / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cellular response to mechanical stimulus / RING-type E3 ubiquitin transferase / platelet activation / cytoplasmic side of plasma membrane / intracellular calcium ion homeostasis / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of angiogenesis / ubiquitin-protein transferase activity / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / ubiquitin protein ligase activity / cellular response to tumor necrosis factor / Ovarian tumor domain proteases / signaling receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / TRAF3-dependent IRF activation pathway / protein-containing complex assembly / protein phosphatase binding / regulation of apoptotic process / defense response to virus / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / endosome / positive regulation of MAPK cascade / endosome membrane / inflammatory response / protein domain specific binding / external side of plasma membrane / neuronal cell body / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / enzyme binding / cell surface / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular exosome / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TNF receptor-associated factor 3 / TRAF3, MATH domain / Tumour necrosis factor receptor 5 / Tumour necrosis factor receptor 5, N-terminal / : / : / TNF receptor-associated factor 2/3/5, RING domain / TRAF-type zinc finger / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa / : ...TNF receptor-associated factor 3 / TRAF3, MATH domain / Tumour necrosis factor receptor 5 / Tumour necrosis factor receptor 5, N-terminal / : / : / TNF receptor-associated factor 2/3/5, RING domain / TRAF-type zinc finger / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa / : / TRAF/meprin, MATH domain / Zinc finger, TRAF-type / Zinc finger TRAF-type profile. / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5 / TNF receptor-associated factor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Ni, C.-Z. / Welsh, K. / Leo, E. / Chiou, C.-K. / Wu, H. / Reed, J.C. / Ely, K.R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Molecular basis for CD40 signaling mediated by TRAF3.
著者: Ni, C.Z. / Welsh, K. / Leo, E. / Chiou, C.K. / Wu, H. / Reed, J.C. / Ely, K.R.
履歴
登録2000年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TNF RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 3
X: B-CELL SURFACE ANTIGEN CD40
B: TNF RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 3
Y: B-CELL SURFACE ANTIGEN CD40


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1624
ポリマ－56,1624
非ポリマー00
水00
1
A: TNF RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 3
X: B-CELL SURFACE ANTIGEN CD40


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0812
ポリマ－28,0812
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TNF RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 3
Y: B-CELL SURFACE ANTIGEN CD40


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0812
ポリマ－28,0812
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area14590 Å2
手法PISA
3
B: TNF RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 3
Y: B-CELL SURFACE ANTIGEN CD40

B: TNF RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 3
Y: B-CELL SURFACE ANTIGEN CD40

B: TNF RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 3
Y: B-CELL SURFACE ANTIGEN CD40


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2436
ポリマ－84,2436
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area11180 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area36290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.760, 83.760, 212.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

#1: タンパク質 TNF RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 3


分子量: 25885.521 Da / 分子数: 2 / 断片: TRAF DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET21B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13114
#2: タンパク質・ペプチド B-CELL SURFACE ANTIGEN CD40


分子量: 2195.341 Da / 分子数: 2 / 断片: CD40 (246-266) PEPTIDE / Mutation: N246K, C258S / 由来タイプ: 合成
詳細: THIS PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THIS PEPTIDE OCCURS NATURALLY IN HUMANS (HOMO SAPIENS)
参照: UniProt: P25942

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.87 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: METHANOL, SODIUM CHLORIDE, TRIS BUFFER, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
結晶化
*PLUS
手法: unknown

-
データ収集

回折平均測定温度: 108 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 29115 / % possible obs: 78.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 3.5→3.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.26 / % possible all: 74.5
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 74.5 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 3.5→8 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.312 351 -RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.173 7586 72.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3558 0 0 0 3558
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.55
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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