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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1flc | |||||||||
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タイトル | X-RAY STRUCTURE OF THE HAEMAGGLUTININ-ESTERASE-FUSION GLYCOPROTEIN OF INFLUENZA C VIRUS | |||||||||
![]() | (HAEMAGGLUTININ-ESTERASE-FUSION GLYCOPROTEIN) x 2 | |||||||||
![]() | HYDROLASE / ESTERASE / RECEPTOR BINDING / MEMBRANE FUSION / VIRUS / INFLUENZA | |||||||||
機能・相同性 | ![]() sialate 9-O-acetylesterase activity / sialate 4-O-acetylesterase activity / sialate O-acetylesterase / viral budding from plasma membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell ...sialate 9-O-acetylesterase activity / sialate 4-O-acetylesterase activity / sialate O-acetylesterase / viral budding from plasma membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Rosenthal, P.B. / Zhang, X. / Formanowski, F. / Fitz, W. / Wong, C.H. / Meier-Ewert, H. / Skehel, J.J. / Wiley, D.C. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the haemagglutinin-esterase-fusion glycoprotein of influenza C virus. 著者: Rosenthal, P.B. / Zhang, X. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 353.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 294 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 56.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 80.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48230.699 Da / 分子数: 3 / 断片: HEF1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: Influenzavirus C / 生物種: Influenza C virus / 株: C/JOHANNESBURG/1/66 / 参照: UniProt: P07975 #2: タンパク質 | 分子量: 18977.541 Da / 分子数: 3 / 断片: HEF2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: Influenzavirus C / 生物種: Influenza C virus / 株: C/JOHANNESBURG/1/66 / 参照: GenBank: 325318, UniProt: P07975*PLUS #3: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 多糖 | #5: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 6.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 76 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.1 / 詳細: pH 7.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 108 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→15 Å / Num. obs: 80900 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 40 Å2 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→10 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Mean I/σ(I) obs: 12 / Rsym value: 0.3 / % possible all: 91 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.1 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 40 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→10 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS |