[日本語] English
万見
- PDB-1fl9: THE YJEE PROTEIN -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fl9
タイトルTHE YJEE PROTEIN
要素HYPOTHETICAL PROTEIN HI0065
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / nucleotide-binding fold / Structure 2 Function Project / S2F
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
tRNA threonylcarbamoyl adenosine modification protein TsaE / Threonylcarbamoyl adenosine biosynthesis protein TsaE / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaE
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Teplyakov, A. / Gilliland, G.L. / Structure 2 Function Project (S2F)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of the YjeE protein from Haemophilus influenzae: a putative Atpase involved in cell wall synthesis
著者: Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Tordova, M. / Thanki, N. / Bonander, N. / Eisenstein, E. / Howard, A.J. / Gilliland, G.L.
履歴
登録2000年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HYPOTHETICAL PROTEIN HI0065
B: HYPOTHETICAL PROTEIN HI0065
C: HYPOTHETICAL PROTEIN HI0065
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4086
ポリマ－54,8063
非ポリマー6023
水55831
1
A: HYPOTHETICAL PROTEIN HI0065
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4692
ポリマ－18,2691
非ポリマー2011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: HYPOTHETICAL PROTEIN HI0065
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4692
ポリマ－18,2691
非ポリマー2011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: HYPOTHETICAL PROTEIN HI0065
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4692
ポリマ－18,2691
非ポリマー2011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.400, 73.000, 96.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.20, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 HYPOTHETICAL PROTEIN HI0065


分子量: 18268.768 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
プラスミド: PLASMID T7-HIS TAG / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P44492
#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.1M Tris, 1.5% PEG400, 1.5M ammonium sulfate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 48 %
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
21.6 Mammonium sulfate1reservoir
32 %(w/v)PEG4001reservoir
40.1 MTris-HCl1reservoirpH7.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.01
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.01 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→10 Å / Num. all: 132000 / Num. obs: 132000 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 42.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.55 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.158 / Num. unique all: 1000 / % possible all: 90
反射
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Rmerge(I) obs: 0.054
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.158

-
解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.5→10 Å / σ(F): 3 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 820 -random
Rwork0.22 ---
all0.22 16442 --
obs0.22 15622 95 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3765 0 3 31 3799
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d2.1
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Rfactor obs: 0.22 / Rfactor Rfree: 0.285 / Rfactor Rwork: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る