PDB-1fl0: CRYSTAL STRUCTURE OF THE EMAP2/RNA-BINDING DOMAIN OF THE P43 PROT...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1fl0

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE EMAP2/RNA-BINDING DOMAIN OF THE P43 PROTEIN FROM HUMAN AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE COMPLEX

要素

ENDOTHELIAL-MONOCYTE ACTIVATING POLYPEPTIDE II

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / RNA-binding domain / OB-fold / tRNA synthetase complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of glucagon secretion / Selenoamino acid metabolism / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / Cytosolic tRNA aminoacylation / leukocyte migration / negative regulation of endothelial cell proliferation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / cytokine activity / cell-cell signaling / GTPase binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Renault, L. / Kerjan, P. / Pasqualato, S. / Menetrey, J. / Robinson, J.-C. / Kawaguchi, S. / Vassylyev, D.G. / Yokoyama, S. / Mirande, M. / Cherfils, J.

引用

ジャーナル: EMBO J. / 年: 2001
タイトル: Structure of the EMAPII domain of human aminoacyl-tRNA synthetase complex reveals evolutionary dimer mimicry.
著者: Renault, L. / Kerjan, P. / Pasqualato, S. / Menetrey, J. / Robinson, J.C. / Kawaguchi, S. / Vassylyev, D.G. / Yokoyama, S. / Mirande, M. / Cherfils, J.

履歴

登録	2000年8月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年2月8日	Group: Structure summary
改定 1.4	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1fl0.cif.gz	50.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1fl0.ent.gz	34.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1fl0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1fl0_validation.pdf.gz	362.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1fl0_full_validation.pdf.gz	366 KB	表示
XML形式データ	1fl0_validation.xml.gz	4.9 KB	表示
CIF形式データ	1fl0_validation.cif.gz	8.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/1fl0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/1fl0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1e7zC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1g4k-3 4g9l-1 3ap5-d 1pz8-2 1hv1-d 1twl-d 2dcy-1 5xck-1 1jai-d 1d1p-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (3)

登録構造単位

A: ENDOTHELIAL-MONOCYTE ACTIVATING POLYPEPTIDE II

19 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.954, 59.683, 37.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.83, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	ENDOTHELIAL-MONOCYTE ACTIVATING POLYPEPTIDE II 分子量: 18999.955 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN/RNA-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET-28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12904
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.55 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 35% PEG 3000 or 6000, 100mM TRIS pH7.5, 100-300 mM NaCl, 2mM DTE with a protein concentration of 11 mg/ml, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

結晶化

*PLUS

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	11 mg/ml	protein	1	drop
2	28-35 %	PEG3000	1	reservoir	or PEG6000
3	100 mM	Tris	1	reservoir
4	100-300 mM		1	reservoir		NaCl
5	2 mM	dithiothreitol	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.934
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年4月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.14→30 Å / Num. obs: 52816 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 16.5 Å² / R_sym value: 6.2 / Net I/σ(I): 22.5
反射シェル	解像度: 1.14→1.16 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / R_sym value: 15.7 / % possible all: 99.1
反射	PLUS % possible obs: 99.9 % / Num. measured all: 269210 / R_merge(I) obs*: 0.062
反射シェル	PLUS % possible obs: 99.1 % / R_merge(I) obs*: 0.157

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MLPHARE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
CNS	1	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.5→34.35 Å / R_factor R_free error: 0.007 / Data cutoff high absF: 85632626.06 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.224	1127	4.8 %	RANDOM
R_work	0.221	-	-	-
obs	0.221	23301	100 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 30.05 Å² / k_sol: 0.318 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.41 Å²	0 Å²	0.94 Å²
2-	-	1.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.24 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.2 Å	0.19 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.15 Å	0.08 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→34.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1257	0	0	247	1504

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.004
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	25.3
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.93
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.58	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.6	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.9	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	4.6	2.5

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.59 Å / R_factor R_free error: 0.023 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.322	193	5 %
R_work	0.253	3676	-
obs	-	-	100 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM	WATER.TOP

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

σ(F): 0.1 / % reflection R_free: 4.8 %

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

B_iso mean: 19 Å²

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	25.3
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.93
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it		1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it		2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it		2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it		2.5

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.322 / % reflection R_free: 5 % / R_factor R_work: 0.253 / R_factor obs: 0.262

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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