PDB-1fkv: RECOMBINANT GOAT ALPHA-LACTALBUMIN T29I

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1fkv

タイトル

RECOMBINANT GOAT ALPHA-LACTALBUMIN T29I

要素

ALPHA-LACTALBUMIN

キーワード

TRANSFERASE / LACTOSE SYNTHASE COMPONENT / CALCIUM BINDING METALLOPROTEIN / GLYCOPROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

lactose synthase activity / lactose biosynthetic process / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / calcium ion binding / protein-containing complex / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Capra hircus (ヤギ)

手法

X線回折 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Horii, K. / Matsushima, M. / Tsumoto, K. / Kumagai, I.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2001
タイトル: Contribution of Thr29 to the thermodynamic stability of goat alpha-lactalbumin as determined by experimental and theoretical approaches.
著者: Horii, K. / Saito, M. / Yoda, T. / Tsumoto, K. / Matsushima, M. / Kuwajima, K. / Kumagai, I.

履歴

登録	2000年8月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年2月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年11月3日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1fkv.cif.gz	34.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1fkv.ent.gz	25.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1fkv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1fkv_validation.pdf.gz	365.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1fkv_full_validation.pdf.gz	365.8 KB	表示
XML形式データ	1fkv_validation.xml.gz	3.7 KB	表示
CIF形式データ	1fkv_validation.cif.gz	5.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/1fkv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/1fkv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1fkqC 1hfy 1hmk C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3b0k-1 6cwk-d 1hmk-d 2h2y-2 2fwt-d 3ln9-d 3rfe-1 5m3g-3 1lj4-1 4dy5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ALPHA-LACTALBUMIN

ヘテロ分子

14.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.800, 88.740, 32.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	ALPHA-LACTALBUMIN / LACTOSE SYNTHASE B PROTEIN 分子量: 14354.307 Da / 分子数: 1 / 断片: B-HELIX / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Capra hircus (ヤギ) / 遺伝子: A CLONED GENE OF GOAT LACTA / プラスミド: PET-PUT7LA-T29I / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): A CLONED GENE OF GOAT CDNA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00712, lactose synthase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.13 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 8000, calcium chloride, potassium phosphate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

温度: 4 ℃

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細
1	30-40 mg/ml	protein	1	drop
2	1 mM		1	drop	CaCl2
3	25 %	PEG4000	1	reservoir
4	0.2 M	ammonium sulfate	1	reservoir
5	0.05 M	potassium phosphate	1	reservoir		pH5.5
6	1 mM		1	reservoir	CaCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 282.5 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年9月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→30 Å / Num. all: 9147 / Num. obs: 8712 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / R_merge(I) obs: 0.218 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
X-PLOR		モデル構築
X-PLOR	3.851	精密化
X-PLOR		位相決定

精密化

解像度: 2→8 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The C-terminal tripeptide (Glu121-Leu123) is poorly defined in the electron density and therefore these residues have not been included in the final model.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.292	862	-	Random
R_work	0.193	-	-	-
all	-	8129	-	-
obs	-	7267	93.3 %	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	977	0	1	71	1049

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	1.208

精密化

*PLUS

% reflection R_free: 10 % / R_factor obs: 0.193

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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