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- PDB-1fjl: HOMEODOMAIN FROM THE DROSOPHILA PAIRED PROTEIN BOUND TO A DNA OLI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fjl
タイトルHOMEODOMAIN FROM THE DROSOPHILA PAIRED PROTEIN BOUND TO A DNA OLIGONUCLEOTIDE
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*TP*TP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*TP*TP*AP*C)-3')
  • PAIRED PROTEIN
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / DNA-BINDING PROTEIN / DNA / PAIRED BOX / TRANSCRIPTION REGULATION / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


periodic partitioning by pair rule gene / HATs acetylate histones / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / nervous system development / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Paired domain / Paired DNA-binding domain / PAX family / 'Paired box' domain / Paired DNA-binding domain signature. / Paired DNA-binding domain profile. / Paired Box domain / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain ...Paired domain / Paired DNA-binding domain / PAX family / 'Paired box' domain / Paired DNA-binding domain signature. / Paired DNA-binding domain profile. / Paired Box domain / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Segmentation protein paired
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wilson, D.S. / Guenther, B. / Desplan, C. / Kuriyan, J.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1995
タイトル: High resolution crystal structure of a paired (Pax) class cooperative homeodomain dimer on DNA.
著者: Wilson, D.S. / Guenther, B. / Desplan, C. / Kuriyan, J.
履歴
登録1995年12月17日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01996年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PAIRED PROTEIN
B: PAIRED PROTEIN
C: PAIRED PROTEIN
D: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*TP*TP*AP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*TP*TP*AP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9776
ポリマ－41,9776
非ポリマー00
水4,378243
1
A: PAIRED PROTEIN
B: PAIRED PROTEIN
D: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*TP*TP*AP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9904
ポリマ－27,9904
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: PAIRED PROTEIN
F: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*TP*TP*AP*C)-3')

C: PAIRED PROTEIN
F: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*TP*TP*AP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9734
ポリマ－27,9734
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.210, 146.890, 77.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MC2221
詳細A COMPLEX OF TWO HOMEODOMAINS (THE PROTEIN COMPONENT) BOUND TO ONE 14 BASE PAIR DNA DUPLEX IS THE MOLECULAR SPECIES ANALYZED IN THIS STUDY. EACH OF THE DNA DUPLEX AND THE COMPLEX HAS PSEUDO TWO-FOLD SYMMETRY ABOUT ITS CENTER. THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS 1.5 COMPLEXES, ONE OF WHICH IS COMPLETELY CONTAINED WITHIN THE ASYMMETRIC UNIT AND THE OTHER OF IS BISECTED AT ITS CENTER OF SYMMETRY BY A CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXIS. THE TWO-FOLD AVERAGED COMPLEX WAS MODELED AS A COMPLETE SINGLE HOMEODOMAIN AND A COMPLETE SINGLE STRAND OF THE DUPLEX. THEREFORE, THE MODEL CONTAINS THREE HOMEODOMAINS AND THREE DNA STRANDS.

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要素

#1: タンパク質 PAIRED PROTEIN / PRD / PAIRED PROTEIN


分子量: 9716.782 Da / 分子数: 3 / 断片: HOMEODOMAIN / 変異: C, C4S, S50Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06601
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*TP*TP*AP*C)-3')


分子量: 4262.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*AP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*TP*AP*T)-3')


分子量: 4293.827 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*TP*TP*AP*C)-3')


分子量: 4269.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE STANDARD HOMEODOMAIN NUMBERING SYSTEM (SEE, FOR EXAMPLE, KISSINGER, C.R., LIU, B., MARTIN- ...THE STANDARD HOMEODOMAIN NUMBERING SYSTEM (SEE, FOR EXAMPLE, KISSINGER, C.R., LIU, B., MARTIN-BLANCO, E., KORNBERG, T.B. AND PABO, C.O. (1990). CELL 63, 357 - 590) RELATES TO THE NUMBERING OF THE RESIDUES OF THE THREE HOMEODOMAINS IN THIS STRUCTURE IN THE FOLLOWING WAY: THE HOMEODOMAIN IS A 60 AMINO ACID MOTIF AND IS REFERRED TO HEREAFTER AS THE "HOMEODOMAIN PROPER". THE PROTEIN THAT WAS CRYSTALLIZED CONTAINS 17 ENDOGENOUS AMINO ACIDS UPSTREAM AND 4 AMINO ACIDS DOWNSTREAM OF THE 60 AMINO ACID HOMEODOMAIN PROPER. FOR EACH OF THE HOMEODOMAINS, THE RESIDUES ARE NUMBERED AS FOLLOWS, WITH SEGMENT IDENTIFIERS AS INDICATED: HOMEODOMAIN NO. 1: RESIDUES A 0 - A 64, WHERE RESIDUES A 1 - A 60 CORRESPOND TO THE HOMEODOMAIN PROPER. HOMEODOMAIN NO. 2: RESIDUES B 1 - B 58, WHERE RESIDUES B 1 - B 58 CORRESPOND TO THE HOMEODOMAIN PROPER (THE LAST 2 RESIDUES ARE DISORDERED AND SO NOT IN THE MODEL). HOMEODOMAIN NO. 3: RESIDUES C 0 - C 58, WHERE RESIDUES C 1 - C 58 CORRESPOND TO THE HOMEODOMAIN PROPER (THE LAST 2 RESIDUES ARE DISORDERED AND SO NOT IN THE MODEL).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.09 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 5.5 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
1100 mMNa acetate11
220 mM11NaCl
319 %(w/v)PEG100011
413 %ethylene glycol112 % increments over 30 min.

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データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 28315 / % possible obs: 92.9 % / Num. measured all: 94960 / Rmerge(I) obs: 0.058
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.3 % / Rmerge(I) obs: 0.185

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化Rfactor Rwork: 0.198 / Rfactor obs: 0.198 / 最高解像度: 2 Å
詳細: THE FOLLOWING SIDE CHAINS HAVE BEEN OMITTED FROM THE MODEL BECAUSE THEIR CONFORMATION WAS NOT EVIDENT FROM ELECTRON DENSITY MAPS: HOMEODOMAIN NO. 1: RESIDUES 122, 133, 158. HOMEODOMAIN NO. 2: ...詳細: THE FOLLOWING SIDE CHAINS HAVE BEEN OMITTED FROM THE MODEL BECAUSE THEIR CONFORMATION WAS NOT EVIDENT FROM ELECTRON DENSITY MAPS: HOMEODOMAIN NO. 1: RESIDUES 122, 133, 158. HOMEODOMAIN NO. 2: RESIDUES 233, 236, 239, 255, 258. HOMEODOMAIN NO. 3: RESIDUES 300, 324, 357, 358. DUE TO THE TWO-FOLD AVERAGING OF THE DNA DUPLEXES, ALTERNATE SIDE CHAIN IDENTITIES HAVE BEEN MODELED IN THE FOLLOWING WAY: ALTERNATE SIDE CHAIN FOR RESIDUE A D 1A: RESIDUE T D 1B ALTERNATE SIDE CHAIN FOR RESIDUE T D 8A: RESIDUE A D 8B ALTERNATE SIDE CHAIN FOR RESIDUE T E 1A: RESIDUE A E 1B ALTERNATE SIDE CHAIN FOR RESIDUE A E 8A: RESIDUE T E 8B ALTERNATE SIDE CHAIN FOR RESIDUE T F 1A: RESIDUE A F 1B ALTERNATE SIDE CHAIN FOR RESIDUE T F 8A: RESIDUE A F 8B TWO OF THE WATER MOLECULES ARE EXCLUDED BY ONE OF THE TWO ALTERNATE SIDE CHAINS AT DNA RESIDUES NO. 408 AND 508, AS FOLLOWS: WATER RESIDUE NO. 941 IS PRESENT WITH THE ALTERNATE SIDE CHAIN REPRESENTED BY RESIDUE 508 BUT NOT 528. WATER RESIDUE NO. 942 IS PRESENT WITH THE ALTERNATE SIDE CHAIN REPRESENTED BY RESIDUE 428 BUT NOT 408.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1530 966 0 243 2739
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na0.018
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na2.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot1.51
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最低解像度: 6 Å / Rfactor obs: 0.197 / Rfactor Rfree: 0.27
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 38 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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