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- PDB-1fj1: LYME DISEASE ANTIGEN OSPA IN COMPLEX WITH NEUTRALIZING ANTIBODY F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fj1
タイトルLYME DISEASE ANTIGEN OSPA IN COMPLEX WITH NEUTRALIZING ANTIBODY FAB LA-2
要素
  • HYBRIDOMA ANTIBODY LA2 (HEAVY CHAIN)
  • HYBRIDOMA ANTIBODY LA2 (LIGHT CHAIN)
  • OUTER SURFACE PROTEIN A
キーワードIMMUNE SYSTEM / OSPA / LYME DISEASE / ANTIBODY FAB FRAGMENT / NEUTRALIZING EPITOPE
機能・相同性
機能・相同性情報


Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity ...Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / immunoglobulin complex, circulating / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin mediated immune response / complement activation, classical pathway / antigen binding / positive regulation of phagocytosis / B cell differentiation / cell outer membrane / positive regulation of immune response / cell surface / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
C1 set domains (antibody constant domain-like) / Outer Surface Protein A; domain 3 - #1 / Outer surface lipoprotein, Borrelia / Outer surface lipoprotein domain superfamily / Borrelia lipoprotein / Outer Surface Protein A; domain 3 / : / Lipocalin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...C1 set domains (antibody constant domain-like) / Outer Surface Protein A; domain 3 - #1 / Outer surface lipoprotein, Borrelia / Outer surface lipoprotein domain superfamily / Borrelia lipoprotein / Outer Surface Protein A; domain 3 / : / Lipocalin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa constant / Immunoglobulin heavy constant gamma 2B / Outer surface protein A / Outer surface protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Borrelia burgdorferi (バクテリア)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Ding, W. / Lawson, C.L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structural identification of a key protective B-cell epitope in Lyme disease antigen OspA.
著者: Ding, W. / Huang, X. / Yang, X. / Dunn, J.J. / Luft, B.J. / Koide, S. / Lawson, C.L.
履歴
登録2000年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2000年10月11日ID: 2OSP
改定 1.02000年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月9日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYBRIDOMA ANTIBODY LA2 (LIGHT CHAIN)
B: HYBRIDOMA ANTIBODY LA2 (HEAVY CHAIN)
C: HYBRIDOMA ANTIBODY LA2 (LIGHT CHAIN)
D: HYBRIDOMA ANTIBODY LA2 (HEAVY CHAIN)
E: OUTER SURFACE PROTEIN A
F: OUTER SURFACE PROTEIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,8396
ポリマ－147,8396
非ポリマー00
水4,648258
1
A: HYBRIDOMA ANTIBODY LA2 (LIGHT CHAIN)
B: HYBRIDOMA ANTIBODY LA2 (HEAVY CHAIN)
F: OUTER SURFACE PROTEIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9203
ポリマ－73,9203
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5230 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area31630 Å2
手法PISA
2
C: HYBRIDOMA ANTIBODY LA2 (LIGHT CHAIN)
D: HYBRIDOMA ANTIBODY LA2 (HEAVY CHAIN)
E: OUTER SURFACE PROTEIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9203
ポリマ－73,9203
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.079, 129.462, 143.738
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The biological assembly is an Fab/antigen complex composed of chains A, B, and F, or alternately C, D, and E

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要素

#1: 抗体 HYBRIDOMA ANTIBODY LA2 (LIGHT CHAIN) / LA2 FAB


分子量: 23608.090 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然
詳細: LA-2 HYBRIDOMA, GIFT OF M.M. SIMON, MAX PLANCK INSTUTUT, FREIBURG
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01837*PLUS
#2: 抗体 HYBRIDOMA ANTIBODY LA2 (HEAVY CHAIN) / LA2 FAB


分子量: 22629.268 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 詳細: LA-2 HYBRIDOMA / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01867*PLUS
#3: タンパク質 OUTER SURFACE PROTEIN A / OSPA


分子量: 27682.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borrelia burgdorferi (バクテリア)
株: B31 / プラスミド: PET9C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14013, UniProt: P0CL66*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.93 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.15
詳細: 100 mM sodium cacodylate, 100 mM sodium acetate, 10 % (w/v) PEG 3350, pH 6.15, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
2100 mMsodium cacodylate1reservoir
3100 mMsodium acetate1reservoir
410 %(w/v)PEG33501reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1
検出器タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 1997年5月1日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→20 Å / Num. all: 51741 / Num. obs: 221681 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 50.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 2.68→2.78 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Num. unique all: 5136 / % possible all: 98.4
反射
*PLUS
Num. obs: 51741 / Num. measured all: 221681
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.4 % / Num. unique obs: 5136 / Num. measured obs: 20967

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GAF, PDB ENTRY 1OSP

1gaf

1osp


解像度: 2.68→19.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1428286.9 / Data cutoff high rms absF: 1428286.9 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 5165 10.1 %RANDOM, 10%
Rwork0.226 ---
all-51197 --
obs-51197 96.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.6764 Å2 / ksol: 0.318791 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 52.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.16 Å20 Å20 Å2
2---5.25 Å20 Å2
3---8.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→19.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10284 0 0 258 10542
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.94
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTRAINED
LS精密化 シェル解像度: 2.68→2.85 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 822 9.9 %
Rwork0.275 7449 -
obs--94.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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