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万見
- PDB-1fiz: THREE DIMENSIONAL STRUCTURE OF BETA-ACROSIN FROM BOAR SPERMATOZOA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fiz
タイトルTHREE DIMENSIONAL STRUCTURE OF BETA-ACROSIN FROM BOAR SPERMATOZOA
要素(BETA-ACROSIN ...) x 2
キーワードHYDROLASE / anti-parallel beta-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


acrosin / acrosomal matrix / acrosome reaction / fucose binding / amidase activity / D-mannose binding / single fertilization / activation of adenylate cyclase activity / serine-type peptidase activity / serine-type endopeptidase activity ...acrosin / acrosomal matrix / acrosome reaction / fucose binding / amidase activity / D-mannose binding / single fertilization / activation of adenylate cyclase activity / serine-type peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / protein-containing complex / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, acrosin / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...Peptidase S1A, acrosin / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
P-AMINO BENZAMIDINE / Acrosin
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Tranter, R. / Read, J.A. / Jones, R. / Brady, R.L.
引用
ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: Effector sites in the three-dimensional structure of mammalian sperm beta-acrosin.
著者: Tranter, R. / Read, J.A. / Jones, R. / Brady, R.L.
#1: ジャーナル: Thesis
タイトル: Three dimensional structure of beta-acrosin from ram and boar spermatozoa
著者: Tranter, R.
履歴
登録2000年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Advisory / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp ..._exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-ACROSIN HEAVY CHAIN
L: BETA-ACROSIN LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0998
ポリマ－31,8462
非ポリマー1,2536
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3110 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area13980 Å2
手法PISA
2
A: BETA-ACROSIN HEAVY CHAIN
L: BETA-ACROSIN LIGHT CHAIN
ヘテロ分子

A: BETA-ACROSIN HEAVY CHAIN
L: BETA-ACROSIN LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,19816
ポリマ－63,6924
非ポリマー2,50612
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation24_656-z+5/4,-y+1/4,-x+5/41
Buried area7290 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area26890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.640, 130.640, 130.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number212
Space group name H-MP4332
詳細heterodimer of chain A and B linked together by two disulphide bonds

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要素

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BETA-ACROSIN ... , 2種, 2分子 AL

#1: タンパク質 BETA-ACROSIN HEAVY CHAIN


分子量: 29229.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / Cell: SPERMATOZOA / 器官: TESTIS / 参照: UniProt: P08001
#2: タンパク質・ペプチド BETA-ACROSIN LIGHT CHAIN


分子量: 2615.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / Cell: SPERMATOZOA / 器官: TESTIS / 参照: UniProt: P08001

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糖 , 1種, 1分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAca1-4[LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1b_1-5]/1-2-3-4/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 30分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-PBZ / P-AMINO BENZAMIDINE / α,α,4-トリアミノベンゼンメチリウム


分子量: 136.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10N3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 8000, ammonium sulphate, sodium cacodylate, p-aminobenzamidine, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K
結晶化
*PLUS
pH: 8.2 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
10.375 mML-BAPNA1drop
20.1 MTris-HCl1drop
350 mM1dropCaCl2
50.1 Msodium cacodylate1reservoir
630 %PEG80001reservoir
70.2 Mammonium sulfate1reservoir
4protein1drop20mg

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.244
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.244 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→100 Å / Num. all: 8303 / Num. obs: 8303 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 65.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2.9→3.1 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.307 / Num. unique all: 1200 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
Num. obs: 8711

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
精密化解像度: 2.9→30 Å / SU B: 18.1713 / SU ML: 0.34735 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.41073
詳細: maximun likelihood refinement CNS was also used for refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26518 408 4.7 %RANDOM
Rwork0.21158 ---
all0.21409 8941 --
obs-8711 97.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 47.027 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2152 0 79 25 2256
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0290.021
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d2.651.986
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.651.986
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.1881.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.2392
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.4753
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it5.6414.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.010.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1520.2
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.7 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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