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万見
- PDB-1fir: CRYSTAL STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTION PRIMER TRNA(LYS3) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fir
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTION PRIMER TRNA(LYS3)
要素HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTION PRIMER TRNA(LYS3)
キーワードRNA / mammalian transfert ribonucleic acid / HIV-1 primer tRNA / amino acid transport / canonical tRNA structure / canonical anticodon / frameshifting / codon/anticodon mimicry / modified bases
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Benas, P. / Dumas, P.
引用
ジャーナル: RNA / 年: 2000
タイトル: The crystal structure of HIV reverse-transcription primer tRNA(Lys,3) shows a canonical anticodon loop.
著者: Benas, P. / Bec, G. / Keith, G. / Marquet, R. / Ehresmann, C. / Ehresmann, B. / Dumas, P.
#1: ジャーナル: To be Published / 年: 2000
タイトル: Molecular blocs in tRNAs that could prevent +1 frameshifting
著者: Benas, P. / Dumas, P.
#2: ジャーナル: Thesis / 年: 2000
タイトル: Studies on the ternary initiation complex of HIV-1 reverse transcription and crystallographic structures of two partners
著者: Benas, P.
履歴
登録2000年8月6日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.02001年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32014年4月9日Group: Derived calculations
改定 1.42018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.52018年4月11日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline
改定 1.62023年8月2日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTION PRIMER TRNA(LYS3)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8943
ポリマ－24,8471
非ポリマー472
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.72, 100.72, 82.61
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP3212

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要素

#1: RNA鎖 HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTION PRIMER TRNA(LYS3)


分子量: 24847.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: THIS SEQUENCE OCCURS NATURALLY IN HUMANS, BOVINES AND CHICKENS
由来: (天然) Bos taurus (ウシ)
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 50 mM MES-KOH pH 5.6, 1.6 to 1.8 M Li2SO4, 10 mM MgCl2, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Li2SO411
2MgCl211
3MES-KOH11
4Li2SO412
5MgCl212
6MES-KOH12
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 78.7 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlprotein1drop
250 mMMES/KOH1reservoir
310 mM1reservoirMgCl2
41.6-1.8 M1reservoirLi2SO4
51
61

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM02 / 波長: 0.9805
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9805 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→40 Å / Num. all: 6482 / Num. obs: 6482 / % possible obs: 88.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 503 / Rsym value: 0.165 / % possible all: 71.6
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.081
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 71.6 % / Rmerge(I) obs: 0.165

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS0.4精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TNA

4tna


解像度: 3.3→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 836049.77 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
立体化学のターゲット値: modified CNS libraries (Parkinson et al.)
詳細: R and free R improved by 12% and 11% respectively by a proper mask definition (see primary ref.)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 543 9.2 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.181 5890 80.5 %-
all-6481 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.19 Å2 / ksol: 0.03 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.53 Å27.03 Å20 Å2
2--4.53 Å20 Å2
3----9.07 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1645 2 16 1663
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.06
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 34 4.9 %
Rwork0.221 666 -
obs--58.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1DNA-RNA-REP-RESIPARAM.BPDNA-RNA-RESITOP.BP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 3 / % reflection Rfree: 9.2 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 33.2 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg2.06
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.234 / % reflection Rfree: 4.9 % / Rfactor Rwork: 0.221

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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