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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fir | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTION PRIMER TRNA(LYS3) | ||||||
要素 | HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTION PRIMER TRNA(LYS3) | ||||||
キーワード | RNA / mammalian transfert ribonucleic acid / HIV-1 primer tRNA / amino acid transport / canonical tRNA structure / canonical anticodon / frameshifting / codon/anticodon mimicry / modified bases | ||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Benas, P. / Dumas, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: RNA / 年: 2000 タイトル: The crystal structure of HIV reverse-transcription primer tRNA(Lys,3) shows a canonical anticodon loop. 著者: Benas, P. / Bec, G. / Keith, G. / Marquet, R. / Ehresmann, C. / Ehresmann, B. / Dumas, P. #1: ジャーナル: To be Published / 年: 2000 タイトル: Molecular blocs in tRNAs that could prevent +1 frameshifting 著者: Benas, P. / Dumas, P. #2: ジャーナル: Thesis / 年: 2000 タイトル: Studies on the ternary initiation complex of HIV-1 reverse transcription and crystallographic structures of two partners 著者: Benas, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fir.cif.gz | 53.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1fir.ent.gz | 42.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fir.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/1fir ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/1fir | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4tnaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 24847.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: THIS SEQUENCE OCCURS NATURALLY IN HUMANS, BOVINES AND CHICKENS 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-NA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.73 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 50 mM MES-KOH pH 5.6, 1.6 to 1.8 M Li2SO4, 10 mM MgCl2, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 78.7 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM02 / 波長: 0.9805 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年2月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9805 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→40 Å / Num. all: 6482 / Num. obs: 6482 / % possible obs: 88.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 503 / Rsym value: 0.165 / % possible all: 71.6 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.081 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 71.6 % / Rmerge(I) obs: 0.165 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4TNA 解像度: 3.3→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 836049.77 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 立体化学のターゲット値: modified CNS libraries (Parkinson et al.) 詳細: R and free R improved by 12% and 11% respectively by a proper mask definition (see primary ref.)
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.19 Å2 / ksol: 0.03 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.3→3.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 3 / % reflection Rfree: 9.2 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 33.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.234 / % reflection Rfree: 4.9 % / Rfactor Rwork: 0.221 |