PDB-1fi7: Solution structure of the imidazole complex of cytochrome C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1fi7

タイトル

Solution structure of the imidazole complex of cytochrome C

要素

CYTOCHROME C

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / cytochrome c / solution structure

機能・相同性

機能・相同性情報

cytochrome c-heme linkage / cytochrome complex / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / apoptotic signaling pathway / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / lipid binding / heme binding / metal ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

溶液NMR / AMBER

Model type details

minimized average

データ登録者

Banci, L. / Bertini, I. / Liu, G. / Lu, J. / Reddig, T. / Tang, W. / Wu, Y. / Zhu, D.

引用

ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2001
タイトル: Effects of extrinsic imidazole ligation on the molecular and electronic structure of cytochrome c
著者: Banci, L. / Bertini, I. / Liu, G. / Lu, J. / Reddig, T. / Tang, W. / Wu, Y. / Yao, Y. / Zhu, D.

履歴

登録	2000年8月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月9日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1fi7.cif.gz	47.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1fi7.ent.gz	33.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1fi7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/1fi7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/1fi7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1fi9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6h1y-1 3wgd-5 1yea-d 2h6x-2 6ifp-1 2i5f-d 4v32-1 4ode-d 4knd-1 3wgd-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (6) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (5) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (5) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (4) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (4) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (7)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (6)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (5)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (5)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (4)
#59 - 2004年11月
光化学系II (Photosystem II)
類似性 (4)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#232 - 2019年4月
タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: CYTOCHROME C

ヘテロ分子

12.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / -
代表モデル		minimized average structure

#1: タンパク質	CYTOCHROME C 分子量: 11725.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 組織: HEART / 参照: UniProt: P00004
#2: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#3: 化合物	ChemComp-HEC / HEME C 分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₄FeN₄O₄
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	2	2D NOESY
1	3	1	DQF-COSY
1	4	2	DQF-COSY
1	5	1	TOCSY
1	6	2	TOCSY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	6mM cytochrome c, 1.2M Imidazole	H2O
2	6mM cytochrome c, 1.2M Imidazole	D2O

試料状態

pH: 5.7 / 圧: 1 atm / 温度: 313 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
DYANA	5	Wuthrich et al	構造決定
PSEUDODYANA	5	Banci et al	構造決定
Amber	5	PEARLMAN, CASE, CALDWELL, ROSS, CHEATHAM, FERGUSON, SEIBEL, SINGH, WEINER, KOLLMAN	精密化
PSEUDOREM	5	BANCI, BERTINI, GORI SAVELLINI, ROMAGNOLI, TURANO, CREMONINI, LUCHINAT,GARY	精密化

精密化

手法: AMBER / ソフトェア番号: 1
詳細: OTHER REFINEMENT REMARKS: DYNAMICS SIMULATED ANNEALING,RESTRAINED ENERGY MINIMIZATION; PSEUDOCONTACT SHIFTS WERE USED IN THE CALCULATION AND IN THE MINIMIZATION AS FURTHER NON-CLASSICAL CONSTRAINTS

代表構造

選択基準: minimized average structure

NMRアンサンブル

登録したコンフォーマーの数: 1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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