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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fi0 | ||||||
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タイトル | SOLUTION STRUCTURE OF HIV-1 VPR (13-33) PEPTIDE IN MICELLS | ||||||
要素 | VPR PROTEIN | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / helix | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / virion component => GO:0044423 / monoatomic ion transport / protein homooligomerization / viral penetration into host nucleus / host extracellular space / symbiont entry into host cell / cell cycle / DNA-templated transcription ...: / symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / virion component => GO:0044423 / monoatomic ion transport / protein homooligomerization / viral penetration into host nucleus / host extracellular space / symbiont entry into host cell / cell cycle / DNA-templated transcription / host cell nucleus / regulation of DNA-templated transcription 類似検索 - 分子機能 | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Engler, A. / Stangler, T. / Willbold, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2001 タイトル: Solution structure of human immunodeficiency virus type 1 Vpr(13-33) peptide in micelles. 著者: Engler, A. / Stangler, T. / Willbold, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fi0.cif.gz | 133.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1fi0.ent.gz | 110.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fi0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1fi0_validation.pdf.gz | 346.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1fi0_full_validation.pdf.gz | 470.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1fi0_validation.xml.gz | 14.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1fi0_validation.cif.gz | 21.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/1fi0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/1fi0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2614.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: The protein was chemically synthesized. The sequence is naturally found in Human immunodeficiency virus type 1 (RF/HAT isolate). 参照: UniProt: P05954 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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NMR実験 | タイプ: 2D NOESY |
-試料調製
詳細 | 内容: 2.2mM Vpr(13-33); 100mM DPC; 90% H20, 10%D20 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | pH: 4 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: Modified ab initio simulated annealing protocol which includes floating assignment of prochiral groups | ||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 160 / 登録したコンフォーマーの数: 22 |