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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fgo | ||||||
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タイトル | LIPOXYGENASE-1 (SOYBEAN) AT 100K, Q495A MUTANT | ||||||
![]() | SEED LIPOXYGENASE-1 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / DIOXYGENASE / LIPOXYGENASE / METALLOPROTEIN / FATTY ACIDS | ||||||
機能・相同性 | ![]() linolenate 9R-lipoxygenase activity / linoleate 13S-lipoxygenase / linoleate 13S-lipoxygenase activity / oxylipin biosynthetic process / lipid oxidation / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / fatty acid oxidation / fatty acid biosynthetic process / iron ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tomchick, D.R. / Minor, W. / Holman, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and functional characterization of second-coordination sphere mutants of soybean lipoxygenase-1. 著者: Tomchick, D.R. / Phan, P. / Cymborowski, M. / Minor, W. / Holman, T.R. #1: ![]() タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF SOYBEAN LIPOXYGENASE L-1 AT 1.4 A RESOLUTION 著者: MINOR, W. / STECZKO, J. / STEC, B. / OTWINOWSKI, Z. / BOLIN, J.T. / WALTER, R. / AXELROD, B. #2: ![]() タイトル: THE STRUCTURE AND FUNCTION OF LIPOXYGENASE 著者: NELSON, M.J. / SEITZ, S.P. #3: ![]() タイトル: EXPERIMENTAL EVIDENCE FOR EXTENSIVE TUNNELING OF HYDROGEN IN THE LIPOXYGENASE REACTION: IMPLICATIONS FOR ENZYME CATALYSIS 著者: JONSSON, T. / GLICKMAN, M.H. / SUN, S. / KLINMAN, J.P. #4: ![]() タイトル: NATURE OF THE RATE-LIMITING STEPS IN THE SOYBEAN LIPOXYGENASE-1 REACTION 著者: GLICKMAN, M.H. / KLINMAN, J.P. #5: ![]() タイトル: THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF AN ARACHIDONIC ACID 15-LIPOXYGENASE 著者: BOYINGTON, J.C. / GAFFNEY, B.J. / AMZEL, L.M. #6: ![]() タイトル: CRYSTALLOGRAPHIC DETERMINATION OF THE ACTIVE SITE IRON AND ITS LIGANDS IN SOYBEAN LIPOXYGENASE L-1 著者: MINOR, W. / STECZKO, J. / BOLIN, J.T. / OTWINOWSKI, Z. / AXELROD, B. #7: ![]() タイトル: CRYSTALLIZATION AND PRELIMINARY X-RAY INVESTIGATION OF LIPOXYGENASE 1 FROM SOYBEANS 著者: STECZKO, J. / MUCHMORE, C.R. / L SMITH, J. / AXELROD, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 195.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 152.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 430.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 439.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 58.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 94423.078 Da / 分子数: 1 / 変異: Q495A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-FE / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PEG3350, Sodium Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ / pH: 5.6 / 詳細: Minor, W., (1996) Biochemistry, 35, 10687. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 1999年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.62→20 Å / Num. all: 107797 / Num. obs: 104247 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.67 % / Biso Wilson estimate: 27.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 35.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.62→1.68 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Num. unique all: 9793 / % possible all: 91.2 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 592213 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: IR 開始モデル: 1F8n 解像度: 1.62→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: anisotropic / Bsol: 49.253 Å2 / ksol: 0.3527 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.727 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.62→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.62→1.68 Å / Total num. of bins used: 10
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.9 % / Rfactor obs: 0.189 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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