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万見
- PDB-1fgb: TOXIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fgb
タイトルTOXIN
要素CHOLERA TOXIN B SUBUNIT PENTAMER
キーワードENTEROTOXIN / CHOLERA TOXIN / CHOLERAGENOID / ADP-RIBOSYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell surface binding / galactose binding / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / catalytic complex / toxin activity / periplasmic space / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Heat-labile enterotoxin, B chain / Heat-labile enterotoxin beta chain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cholera enterotoxin subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Zhang, R.-G. / Westbrook, E.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: The 2.4 A crystal structure of cholera toxin B subunit pentamer: choleragenoid.
著者: Zhang, R.G. / Westbrook, M.L. / Westbrook, E.M. / Scott, D.L. / Otwinowski, Z. / Maulik, P.R. / Reed, R.A. / Shipley, G.G.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: The Three-Dimensional Crystal Structure of Cholera Toxin
著者: Zhang, R.G. / Scott, D.L. / Westbrook, M.L. / Nance, S. / Spangler, B.D. / Shipley, G.G. / Westbrook, E.M.
履歴
登録1996年2月21日処理サイト: BNL
改定 1.01996年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: CHOLERA TOXIN B SUBUNIT PENTAMER
E: CHOLERA TOXIN B SUBUNIT PENTAMER
F: CHOLERA TOXIN B SUBUNIT PENTAMER
G: CHOLERA TOXIN B SUBUNIT PENTAMER
H: CHOLERA TOXIN B SUBUNIT PENTAMER


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1165
ポリマ－58,1165
非ポリマー00
水3,675204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12270 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area20470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.100, 94.500, 67.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
CHOLERA TOXIN B SUBUNIT PENTAMER / CHOLERAGENOID


分子量: 11623.267 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: 569B / 参照: UniProt: P01556
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.42 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.75 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Maulik, P.R., (1988) J. Biol. Chem., 263, 9499.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
13 mg/mlCTB1drop
20.04 MTris-HCl1drop
30.375 %beta-OG1drop
412 %PEG33501drop
50.02 M1dropNaCl
60.0005 MEDTA1drop
70.05 %1dropNaN3
824 %PEG33501reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1989年8月15日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Rmerge(I) obs: 0.048
反射
*PLUS
最高解像度: 2.38 Å / Num. obs: 16703 / % possible obs: 85 % / Num. measured all: 27472 / Rmerge(I) obs: 0.0294

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解析

ソフトウェア
名称分類
XENGENデータ収集
X-PLORモデル構築
PROFFT精密化
X-PLOR精密化
XENGENデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化最高解像度: 2.4 Å / σ(F): 1.5 /
Rfactor反射数
Rwork0.171 -
obs-16703
原子変位パラメータBiso mean: 20.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4070 0 0 204 4274
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0190.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0370.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0380.06
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROFFT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.171
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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