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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fgb | ||||||
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タイトル | TOXIN | ||||||
要素 | CHOLERA TOXIN B SUBUNIT PENTAMER | ||||||
キーワード | ENTEROTOXIN / CHOLERA TOXIN / CHOLERAGENOID / ADP-RIBOSYLATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell surface binding / galactose binding / catalytic complex / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / toxin activity / periplasmic space / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Vibrio cholerae (コレラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, R.-G. / Westbrook, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995 タイトル: The 2.4 A crystal structure of cholera toxin B subunit pentamer: choleragenoid. 著者: Zhang, R.G. / Westbrook, M.L. / Westbrook, E.M. / Scott, D.L. / Otwinowski, Z. / Maulik, P.R. / Reed, R.A. / Shipley, G.G. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995 タイトル: The Three-Dimensional Crystal Structure of Cholera Toxin 著者: Zhang, R.G. / Scott, D.L. / Westbrook, M.L. / Nance, S. / Spangler, B.D. / Shipley, G.G. / Westbrook, E.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fgb.cif.gz | 115.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1fgb.ent.gz | 89.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fgb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1fgb_validation.pdf.gz | 400.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1fgb_full_validation.pdf.gz | 463.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1fgb_validation.xml.gz | 20.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1fgb_validation.cif.gz | 30.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/1fgb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/1fgb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11623.267 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: 569B / 参照: UniProt: P01556 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.42 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.75 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Maulik, P.R., (1988) J. Biol. Chem., 263, 9499. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1989年8月15日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Rmerge(I) obs: 0.048 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.38 Å / Num. obs: 16703 / % possible obs: 85 % / Num. measured all: 27472 / Rmerge(I) obs: 0.0294 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 最高解像度: 2.4 Å / σ(F): 1.5 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20.37 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.4 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROFFT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.171 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |