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- PDB-1fg5: CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE ALPHA-1,3-GALACTOSYLTRANSFERASE CATAL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fg5
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE ALPHA-1,3-GALACTOSYLTRANSFERASE CATALYTIC DOMAIN.
要素N-ACETYLLACTOSAMINIDE ALPHA-1,3-GALACTOSYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / ALPHA BETA ALPHA PROTEIN / NUCLEOTIDE BINDING PROTEIN / ROSSMANN FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetyllactosaminide 3-alpha-galactosyltransferase / N-acetyllactosaminide 3-alpha-galactosyltransferase activity / Golgi cisterna / : / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / glycosyltransferase activity / vesicle / carbohydrate metabolic process / Golgi apparatus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 6 / Glycosyltransferase family 6 / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyllactosaminide alpha-1,3-galactosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Gastinel, L.N. / Bignon, C. / Shaper, J.H. / Joziasse, D.H.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2001
タイトル: Bovine alpha1,3-galactosyltransferase catalytic domain structure and its relationship with ABO histo-blood group and glycosphingolipid glycosyltransferases.
著者: Gastinel, L.N. / Bignon, C. / Misra, A.K. / Hindsgaul, O. / Shaper, J.H. / Joziasse, D.H.
履歴
登録2000年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
N: N-ACETYLLACTOSAMINIDE ALPHA-1,3-GALACTOSYLTRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9091
ポリマ－36,9091
非ポリマー00
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.67, 95.67, 112.93
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 N-ACETYLLACTOSAMINIDE ALPHA-1,3-GALACTOSYLTRANSFERASE / 13GALT / ALPHA-1 / 3-GALACTOSYLTRANSFERASE


分子量: 36908.566 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 解説: CALF THYMUS / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14769, EC: 2.4.1.151
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.85 % / 解説: 0.9796 peak, 0.9800 inflection, 0.9324 remote
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: cacodylate, magnesium chloride, sodium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110-20 mg/mlprotein1drop
220 mMTris1drop
32 mM1dropMnCl2
410 mMUMP1drop
5500 mM1dropNaCl
61.3-1.6 Msodium acetate1reservoir
750 mMcacodylate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9796, 0.9800, 0.9324
検出器タイプ: ADSC QUANTUM / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97961
20.981
30.93241
反射解像度: 2.8→36.5 Å / Num. all: 42677 / Num. obs: 11867 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / % possible all: 95.7
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→36.5 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: CNS, Brunger et al
詳細: maximum likelihood target using amplitudes and phase probability distribution
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 1128 -RANDOM
Rwork0.237 ---
all0.298 42677 --
obs0.28 11867 88.1 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→36.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2307 0 0 43 2350
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 36.5 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.237
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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